केंद्रीय मंत्रिमंडळातील अनेक खात्यांच्या कारभारावर पंतप्रधान नरेंद्र मोदी यांचे अप्रत्यक्ष नियंत्रण असल्याच्या चर्चा नेहमी रंगतात. त्यामुळे काहीजणांचा अपवाद वगळता काम करताना मंत्र्यांना मुक्त वाव मिळत नाही, अशी कुजबूजही होते. आता यामध्ये केंद्रीय गृहमंत्री राजनाथ सिंह यांचाही समावेश झाला की  काय, अशी शंका उपस्थित करण्यात आली आहे. राजनाथ सिंह यांना बुधवारी राज्यसभेत विरोधकांच्या तिखट प्रश्नांचा सामना करावा लागला. यावेळी राजनाथ सिंह यांनी दिलेल्या उत्तरांमध्ये विरोधाभास आढळल्याने काँग्रेस नेते दिग्विजय सिंह यांनी त्यांना चांगलेच धारेवर धरले. राष्ट्रीय तपास यंत्रणा गृहमंत्र्यांना अंधारात ठेवून थेट पंतप्रधानांनाच सगळी माहिती देते का, असा बोचरा सवालही दिग्विजय सिंह यांनी विचारला. पंतप्रधान मोदी यांनी काही दिवसांपूर्वी एका जाहीर सभेत देशभरातील वाढत्या रेल्वे अपघातांविषयी प्रतिक्रिया दिली होती. पोलिसांच्या तपासात या सगळ्यामागे घातपाताचा मोठा कट असून यामध्ये सीमेपलीकडील लोकांचा हात असल्याचे मोदी यांनी म्हटले होते.

शिवसेनेचे खासदार संजय राऊत यांनी रेल्वे घातपातांमागे पाकिस्तानातील दहशतवाद्यांचा हात आहे का, असा प्रश्न विचारला होता. त्यावेळी राजनाथ सिंह यांनी याप्रकरणाची अजूनही चौकशी सुरू  असल्याचे सांगितले. तेव्हा दिग्विजय सिंह यांनी पंतप्रधान मोदींच्या विधानाचा दाखला देत राष्ट्रीय तपास यंत्रणा (एनआयए) गृहमंत्र्यांना डावलून थेट पंतप्रधानांनाच माहिती देते का, असा सवाल विचारला. एकीकडे पंतप्रधान याबद्दल जाहीर विधान करत असताना गृहमंत्री याप्रकरणाची चौकशी सुरू आहे, असे म्हणतात या अर्थी ते या सगळ्याबाबत अनभिज्ञ आहेत. या टीकेला प्रत्युत्तर देताना बहुतांश राजनाथ सिंह यांनी म्हटले की, बहुतांश दहशतवादी हल्ले हे शेजारच्या देशाकडूनच केले जातात. त्यामुळे तुम्ही पंतप्रधानांच्या विधानाबद्दल बोलत असाल तर यापूर्वीही असा प्रकार घडला आहे. पंतप्रधान मोदी यांनी त्यांच्या भाषणात यावेळी आयएसआय किंवा अन्य कोणत्याही दहशतवादी संघटनेचा उल्लेख केला नव्हता. मात्र, स्पष्टीकरणानंतरही दिग्विजय सिंह यांचे समाधान झाले नाही. राजनाथ सिंह एनआयएने त्यांना डावलून पंतप्रधानांना माहिती दिल्याचे लपवू पाहत असल्याचे दिग्विजय सिंह यांनी म्हटले.