येथील पद्मनाभ मंदिराच्या तळघरातील दालनांमध्ये तीन वर्षांपूर्वी सापडलेल्या अगणित संपत्तीतून काही सोन्याच्या वस्तूंची चोरी होत असल्याचा संशय व्यक्त करण्यात आला आह़े  न्यायालयमित्र गोपाल सुब्रमण्यम् यांनी सर्वोच्च न्यायालयात सादर केलेल्या अहवालातून याबाबतही धक्कादायक माहिती पुढे आली आह़े मंदिर आणि संपत्तीच्या व्यवस्थापनात गंभीर त्रुटी असल्याचे नमूद करीत न्यायालयमित्राकडून या संपत्तीच्या वैज्ञानिक परीक्षणाची विनंती केली आहे.
या मंदिराच्या व्यवस्थापनाचे सदस्य असणाऱ्या त्रावणकोरच्या राजघराण्याला मंदिराच्या दैनंदिन कामकाजात ढवळाढवळ करण्यास प्रतिबंध करण्यात यावा, असेही अहवालात सुचविण्यात आले आह़े  व्यवस्थापन सदस्यांनी मंदिराच्या तळघरातील  ‘कल्लारा- बी’ हे दालन उघडण्यास विरोध दर्शविला असला तरीही प्रत्यक्षात हे दालन आधीच उघडण्यात आल्याचे एक प्रत्यक्षदर्शीचे म्हणणे असल्याचे अहवाल सांगतो़  त्यामुळे शक्यतो माजी कॅग विनोद राय यांच्या नेतृत्वाखाली एक चमू स्थापन करून या मंदिरातील साठय़ाचे परीक्षण करण्यात यावे, असेही सुब्रमण्याम यांनी म्हटले आह़े  अनेक दिवस केरळच्या राजधानीत वास्तव्य करून सुब्रमण्यम यांनी हा अहवाल तयार केला आह़े  मंदिराच्या व्यवस्थापनात अनेक त्रुटी असून सोने चोरीच्या अनेक घटनाही घडल्याचे अहवालात नमूद करण्यात आले आह़े  तसेच मंदिराच्या जवळ सोन्याचा मुलामा देणारे यंत्र हस्तगत झाल्याने दालनातील सोन्याच्या काही मूळ गोष्टी लंपास करून त्या ठिकाणी प्रतिकृती ठेवण्यात आल्याचाही संशय आहे.