संसदेवरील हल्ल्यातील दोषी अफजल गुरुला शनिवारी सकाळी तिहार तुरुंगात फाशी देण्यात आली. राष्ट्रपती प्रणव मुखर्जी यांनी २६ जानेवारीला अफजलचा दयेचा अर्ज फेटाळला होता. ती फाईल ३ फेब्रुवारीला केंद्रीय गृहमंत्री सुशीलकुमार शिंदे यांना मिळाली. त्यानंतर ४ फेब्रुवारीला अफजलच्या फाशीची अमलबजावणी करावी, असा आदेश शिंदे यांनी काढला. देशात कोणताही कायदा आणि सुव्यवस्थेचा प्रश्न निर्माण होऊ नये, यासाठी अफजलला फाशी देण्याबाबत कमालीची गुप्तता पाळण्यात आली होती. काही दिवसांपूर्वी मुंबईवरील दहशतवादी हल्ल्यातील दोषी अजमल कसाबलाही अतिशय गुप्तपणे पुण्यातील येरवडा कारागृहात फाशी देण्यात आली होती. तिहार कारागृहाच्या महासंचालक विमला मेहरा यांना अफजलच्या फाशीच्या अमलबजावणीची माहिती देण्यात आली होती. त्यांच्याशिवाय या कारागृहातील अन्य केवळ दोनच अधिकाऱयांना फाशीबाबत माहिती होती. अफजल गुरुला शुक्रवारी (८ फेब्रुवारी) फाशीबाबत माहिती देण्यात आली आणि त्याची अंतिम इच्छाही विचारण्यात आली. त्याने अंतिम इच्छा म्हणून कुराणची एक प्रत मागितली. त्याच्याकडे पहिल्यापासूनच कुराणची एक प्रत होती. मात्र, अंतिम इच्छा म्हणून त्याने आणखी एक प्रत मागितल्याने त्याला ती देण्यात आली. अफजलच्या कोठडीत रात्री खाण्याचे विविध पदार्थ ठेवण्यात आले होते. मात्र, त्याने काहीही खाल्ले नाही. रात्रभरात त्याने तीन वेळा पाणी प्यायले. त्याला रात्री झोप लागली नाही. सकाळी जेव्हा अधिकाऱयांनी त्याच्या कोठडीबाहेर असलेल्या सुरक्षा कर्मचाऱयाना अफजल उठला का, असे विचारले. त्यावेळी त्यांनी सांगितले की, तो रात्रभर झोपलेला नाही. शनिवारी सकाळी सहा वाजता कारागृह अधीक्षक, न्यायदंडाधिकारी, डॉक्टर, कारागृह उपाधीक्षक हे सर्वजण कारागृह क्रमांक तीनमध्ये पोहोचले. डॉक्टरांनी अफजलची वैद्यकीय तपासणी केली. त्याची प्रकृती ठीक असल्याचे डॉक्टरांनी स्पष्ट केल्यानंतर त्याला फाशीचे वॉरंट वाचून दाखविण्यात आले. वॉरंट वाचल्यानंतर तो घाबरल्याचे जाणवले, असे कारागृहातील सूत्रांनी सांगितले. अफजलला फाशी देण्यावेळी कारागृह क्रमांक तीनमध्ये केवळ सहा अधिकारी उपस्थित होते. फाशी दिल्यानंतर सकाळी आठ वाजता अफजलला डॉक्टरांनी मृत घोषित केले. त्यानंतर सरकारने त्याच्या फाशीबाबत अधिकृतपणे माध्यमांना माहिती दिली.
