मनसेने परप्रांतीयांच्या विरोधात कल्याण रेल्वे स्थानकात सात वर्षांपूर्वी आंदोलन केले होते. मनसे कार्यकर्त्यांनी परप्रांतीय विद्यार्थ्यांना मारहाण केली होती. या प्रकरणी महाराष्ट्र नवनिर्माण सेनेचे अध्यक्ष राज ठाकरे यांच्याविरोधात डोंबिवलीतील मानपाडा पोलीस ठाण्यात तक्रार दाखल होऊन त्यांना अटक करण्यात आली होती. याविषयी व अन्य गुन्हय़ांविषयी मुंबई उच्च न्यायालयाच्या औरंगाबाद खंडपीठाने सबळ पुराव्याअभावी शुक्रवारी त्यांना दोषमुक्त ठरवले आहे, असे मनसेचे नेते नितीन सरदेसाई यांनी डोंबिवलीत पत्रकारांना सांगितले.

ऑक्टोबर २००८ रेल्वेची स्पर्धा परीक्षा देण्यासाठी परप्रांतांतून विद्यार्थी आले होते. या परीक्षार्थीना मनसे कार्यकर्त्यांनी मारहाण करत हुसकावून लावले होते. कल्याण-डोंबिवलीसह अनेक ठिकाणी जाळपोळ झाली. या उद्रेकासाठी राज यांना पोलिसांनी जबाबदार धरले. त्यांच्यावर गुन्हे दाखल होऊन जवळपास ८० हून अधिक खटले विविध न्यायालयात त्यांच्यावर सुरू होते.