सार्वजनिक आरोग्य विभागाच्या नियंत्रणाखाली असलेल्या जिल्हा पाणी गुणवत्ता तपासणी प्रयोगशाळा व उपविभागीय प्रयोगशाळा आता पाणी पुरवठा व स्वच्छता विभागाच्या नियंत्रणाखाली येणार आहे. या बरोबरच प्रयोगशाळेत कार्यरत असलेले कंत्राटी मनुष्यबळ व साहित्यही या विभागाच्या नियंत्रणाखाली येणार आहे. कामात सुसूत्रता आणण्यासाठी हा बदल करण्यात येत असल्याचे नुकत्याच काढलेल्या शासन निर्णयात म्हटले आहे.
सार्वजनिक आरोग्य विभागाच्या नियंत्रणाखाली ३४ जिल्हा आरोग्य प्रयोगशाळा व १४८ उपविभागीय प्रयोगशाळा कार्यरत आहेत. राष्ट्रीय पेयजल कार्यक्रमांतर्गत केंद्र शासनाकडून ३ टक्के निधी प्राप्त होतो. हा निधी जिल्हास्तरीय प्रयोगशाळांमध्ये कार्यरत असलेल्या कंत्राटी मनुष्यबळावर (रसायनी व डाटा एंट्री ऑपरेटर) खर्च होतो. ३ मार्च २०१२ व २६ नोव्हेंबर २०१२ रोजीच्या शासन निर्णयानुसार राष्ट्रीय ग्रामीण पाणी गुणवत्ता संनियंत्रण व सर्वेक्षण कार्यक्रमांतर्गत राज्यात ग्रामीण रुग्णालयाच्या आवारात असलेल्या लघुप्रयोगशाळांचे बळकटीकरण करून प्रत्येक जिल्ह्य़ात ३ ते ६ अशा एकूण १३८ उपविभागीय प्रयोगशाळा कार्यरत करण्यात आल्या आहेत. त्यात १६ जून २०१४ च्या शासन निर्णयाद्वारे दहा लघु प्रयोगशाळांचा समावेश करण्यात आल्याने एकूण उपविभागीय प्रयोगशाळांची संख्या १४८ एवढी झाली आहे.
पाणी गुणवत्ता प्रयोगशाळांच्या कामात सुसूत्रता येण्यासाठी व योग्य प्रकारे नियंत्रण होण्यासाठी सार्वजनिक आरोग्य विभागाच्या नियंत्रणाखाली असलेल्या जिल्हा प्रयोगशाळा व उपविभागीय प्रयोगशाळा साहित्य व मनुष्यबळासह १८ डिसेंबर २०१४ च्या शासननिर्णयाद्वारे पाणी पुरवठा व स्वच्छता विभागाच्या ताब्यात देण्यात येत आहेत. १३८ उपविभागीय प्रयोगशाळा कार्यरत आहेत त्याच ठिकाणी कार्यरत राहणार आहेत. जागेच्या उपलब्धतेनंतर या प्रयोगशाळा स्थलांतरित करण्यात येणार आहेत. याबाबतचे आदेश स्वतंत्ररित्या जारी करण्यात येणार आहे. याबाबत सार्वजनिक आरोग्य विभागाला प्राप्त झालेला परंतु खर्च न झालेला निधी पाणी पुरवठा व स्वच्छता विभागास परत करावा तसेच हा आदेश १ जानेवारी २०१५ पासून अंमलात आणावा, असेही या शासन निर्णयात म्हटले आहे.