तळोजा येथे मध्य रेल्वे रुळावरून टाकाव्या लागणाऱ्या मेट्रो पूल उभारणीसाठी जमिनीचे शुल्क भरून गेली दीड वर्षे पूल बांधण्याची परवानगी मिळत नसल्याने नवी मुंबई मेट्रोच्या कामाला काहीसा कोलदांडा लागला आहे. बेलापूर- खारघर-कळंबोली- पेंदार या भागांतील तीन मार्गावर सिडको चार हजार कोटी रुपये खर्च करून मेट्रोचा पहिला प्रकल्प उभारत आहे. मे २०११ रोजी सुरू झालेल्या या प्रकल्पाचे काम प्रगतिपथावर असले तरी मेट्रो डेपोसाठी आवश्यक असणाऱ्या उड्डाणपुलाच्या निर्मितीत मध्य रेल्वेमुळे दिरंगाई होत असल्याचे दिसून येते.
महामुंबई परिसरात भविष्यात वाढणारी प्रवासी संख्या लक्षात घेऊन सिडकोने एप्रिल २०१० रोजी नवी मुंबई मेट्रोची मुहूर्तमेढ रोवली आहे. दिल्ली मेट्रो कॉर्पोरेशनच्या मार्गदर्शनाखाली एक मे २०११ रोजी बेलापूर ते पेंदार या ११ किलोमीटर मार्गाचे काम हाती घेण्यात आले आहे. मुंबई मेट्रोप्रमाणे जमीन संपादनाची किचकट प्रक्रिया करावी न लागल्याने नवी मुंबई मेट्रोच्या या मार्गाचे बरेचसे काम सध्या प्रगतिपथावर आहे. सिडको शहरात पाच मार्ग उभारणार आहे, पण प्रस्तावित आंतरराष्ट्रीय विमानतळ लक्षात घेऊन बेलापूर ते पेंदार या मार्गापुढे खांदेश्वर ते विमानतळ हा मार्ग सर्वप्रथम हाती घेण्यात आला आहे. पहिल्या टप्यातील कामावर सुमारे १९८५ कोटी खर्च होणार असून त्यानंतर उभारण्यात येणाऱ्या इतर दोन मार्गावर दोन हजार कोटी खर्च केले जाणार आहेत. मेट्रो उभारणीतील स्थापत्य काम अंतिम टप्प्यात आले असून आता सिग्नलिंग आणि रेक्स खरेदी करण्याचे काम हाती घेण्यात येणार आहे. त्यासाठी नुकतीच ११०० कोटी रुपये खर्चाची निविदा काढण्यात आली आहे. या मेट्रोसाठी तळोजा येथे कार्यशाळा व डेपो उभारण्यात येणार आहे. त्यासाठी त्या मार्गावर ५० कोटी रुपये खर्च करून एक मेट्रो पूल उभारण्याचे निश्चित करण्यात आले आहे. ४४० मीटर लांबीचा हा पूल उभारण्यासाठी सिडकोला मध्य रेल्वेची परवानगी आवश्यक आहे. या मार्गावरून कोकण रेल्वे तसेच काही दिवा- पनवेलसारखी उपनगरीय वाहतूक सुरू आहे.
 रेल्वे पुलाच्या आजूबाजूला असणाऱ्या जमिनीचे ३६ कोटी रुपये रेल्वेकडे शुल्क भरण्यात आले आहे, पण पूल उभारणीसाठी लागणारी परवानगी अद्याप मिळत नसल्याने हे पूल उभारणीचे काम रखडले आहे. गेली दीड वर्षे सिडको त्यासाठी प्रयत्न करीत आहे. एक दोन वेळा मेट्रो पुलाचा आराखडादेखील बदलण्यात आला आहे, पण मध्य रेल्वे प्रशासनाच्या दिरंगाईमुळे हे काम अद्याप सुरू झालेले नाही. नवी मुंबई मेट्रो रेल्वे सुरू करण्याची यापूर्वी डिसेंबर २०१६ ही डेडलाइन ठेवण्यात आली होती.
माजी व्यवस्थापकीय संचालक तानाजी सत्रे याबाबत आग्रही होते. आता हे काम पुढील दोन वर्षांत पूर्ण होण्याची शक्यता मावळली असल्याने एक वर्षे उशिरा म्हणजेच २०१७ मध्ये मेट्रोचा खडखडाट नवी मुंबईकरांना ऐकू येणार आहे. नवी मुंबई विमानतळाच्या कामाला उशीर झाल्याने मेट्रोबाबत सिडकोची भूमिका आस्ते कदमची आहे. तळोजाच्या पुलाची परवानगी मिळावी यासाठी सिडकोने प्रयत्न केले असून मध्य रेल्वेची लवकरच परवानगी मिळेल, असा विश्वास व्यवस्थापकीय संचालक संजय भाटिया यांनी सांगितले.