पिकाबरोबरच शेतातच मातीला आणि रोपांसाठी पोषक खताचीही उगवणी अर्थात ‘हिरवे खत’ निर्मिती हा नैसर्गिक शेती पद्धतीतील खूप महत्त्वाचा घटक असल्याची कृषी शास्त्रज्ञांची शिफारस आहे. सेंद्रिय आणि पोषक घटकांना एकत्र करून, जमिनीची सुपीकता, संरचना, जैवविविधता आणि पिकांचे उत्पादन यातून चांगले वाढवता येते, असे आढळून आले आहे. स्रोतानुसार हिरवे खत दोन प्रकारे मिळविता येते, एक तर मुख्य पिकाच्या लागवडीपूर्वी हिरव्या खताचे पीक घेऊन ते त्याच जमिनीत गाडून मिसळले जाते. अथवा मुख्य पिकासह आंतरपीक म्हणून घेऊन हंगामावेळी जमिनीत मिसळली जातात. जसे अझोला हे भात पिकाबरोबर वाढविता येते. ढेंचा, उडीद, मूग, चवळी ही माती मिसळवायच्या हिरवे खत पिकाची काही उदाहरणे, किसानक्राफ्ट लिमिटेडच्या संशोधन व विकास विभागात कार्यरत सुमंत होला आणि सौजन्या एमएस या संशोधकांनी पुढे आणली आहेत. शेतीसाठी अत्याधुनिक अवजारे वाजवी दरात उपलब्ध करून परवडण्याजोग्या आणि नैसर्गिक शेतीसाठी कार्यरत किसानक्राफ्ट ही बंगळूरुस्थित कंपनी आहे. आसपासच्या परिसरातील कडुलिंब, सुबाभूळ, करंज, गुलमोहर आणि अन्य झुडपांचा पाला, काडी-काटके जमिनीत मिसळून मातीचे संवर्धन करता येते, असा या संशोधकांचा दावा आहे. हिरव्या खताचे फायदे म्हणजे यातून कृत्रिम (रासायनिक) खतांचा वापर कमी केला जातो. शिवाय हिरव्या जमिनीच्या खालच्या थरावरून पोषक द्रव्यांना शोषून घेते आणि नांगरणीने हा मातीचा थर पृष्ठभागावर आणला जातो. परिणामी मुळांच्या गाठीमध्ये नायट्रोजन द्रव्याची निश्चिती करणाऱ्या रेजोबिया जिवाणूंना आश्रय मिळतो तसेच वातावरणातील नायट्रोजन जमिनीत मिळण्यासाठी निवारा पुरविला जातो. हिरवा पालापाचोळा जमिनीत कुजवल्याने मृदा सूक्ष्मजीव निर्माण होऊन आणि अपघटना दरम्यान सेंद्रिय आम्ल तयार झाल्याने लाईम फॉस्फेट आणि महत्त्वाच्या सूक्ष्म घटकांची विद्राव्यता वाढते. जमिनीत हवेचा संचार आणि पाण्याचा संचयासाठी ही बाब खूप आवश्यक ठरते, असा किसानक्राफ्टच्या संशोधकांचा दावा आहे. भारतातील शेतीसंबंधाने अनेक चिंता आहेत आणि हिरव्या खताच्या फायद्यांबद्दल जागरूकतेचा अभाव हादेखील त्यातील एक महत्त्वाचा घटक आहे. हिरवे खत निर्मिती आणि हाताळण्याचा खर्च हा अतिरिक्त ठरत नाही, उलट एकूण पीक खर्चाच्या दृष्टीने किफायतशीरच ठरतो, असा कंपनीचा दावा आहे.