इशरत जहाँ चकमक प्रकरणी प्रतिज्ञापत्र बदलण्याचा निर्णय राजकीय पातळीवर तत्कालीन गृहमंत्री पी. चिदंबरम, पंतप्रधान मनमोहन सिंग व काँग्रेस अध्यक्षा सोनिया गांधी यांच्या आदेशानुसार घेतला गेला होता, असा आरोप भाजपने केला आहे व काँग्रेसने त्यावर भूमिका स्पष्ट करण्याची मागणी त्यांनी केली असून या प्रश्नावर संसदेत चर्चा घेण्याची तयारी केली आहे. काँग्रेसचे लोकसभेतील नेते मल्लिकार्जुन खारगे यांनी याबाबत चिदंबरमच बोलू शकतील असे स्पष्ट करताना त्याबाबत माहिती नसल्याचे सांगत हात वर केले. काँग्रेसचे प्रवक्ते अभिषेक सिंघवी यांनी हेडलीच्या साक्षीचा आधार घेत भाजप खोटे बोलत आहे हे दुर्दैवी असल्याचे म्हटले आहे.
संसदीय कामकाज मंत्री एम. व्यंकय्या नायडू यांनी असा आरोप केला की, यूपीए सरकारने सीबीआय म्हणजे गुन्हे अन्वेषण शाखेचा गैरवापर करून घेतला व राजकीय विरोधकांना नामोहरम करण्याचा तसेच गुजरातचे तत्कालीन मुख्यमंत्री व आताचे पंतप्रधान नरेंद्र मोदी यांना बदनाम करण्याचा डाव होता.
ते म्हणाले की, लष्कर ए तोयबाचा अतिरेकी डेव्हिड हेडली याने मुंबईतील न्यायालयात व्हिडिओ कॉन्फरन्सिंगने साक्ष देताना इशरत जहॉ ही लष्कर ए तोयबासाठी काम करीत होती असे स्पष्ट केले होते. इशरत मारली गेली ती २००४ मधील चकमक खरी होती असे प्रतिज्ञापत्र सुरुवातीला गुजरात पोलीस व गुप्तचर खात्याने दिले होते, पण ते यूपीए सरकारच्या सांगण्यावरून बदलण्यात आले. माजी गृहसचिव जी. के. पिल्लई यांनी अलीकडेच असे सांगितले की, ते प्रतिज्ञापत्र बदलण्याचा निर्णय राजकीय होता व त्यात तत्कालीन पंतप्रधान, काँग्रेस अध्यक्ष व तत्कालीन गृहमंत्री पी. चिदंबरम सामील होते. त्यावेळी गृह खात्यात असलेले उप सचिव आर. व्ही. मणी यांचा छळ करून त्यांना प्रतिज्ञापत्र बदलण्यास भाग पाडण्यात आले. चिदंबरम यांच्या सांगण्यावरून प्रतिज्ञापत्र बदलण्यात आल्याचे त्यांनी म्हटले आहे.
एखाद्या अधिकाऱ्याचा राजकीय नेतृत्वाच्या सांगण्यावरून दुसऱ्या यंत्रणेतील अधिकाऱ्याने छळ करणे म्हणजे त्यावेळी राजकीय व इतर अधिकारांचा गैरवापर करण्याची परिसीमा गाठली गेली. विरोधकांना नामोहरम करण्यासाठी नरेंद्र मोदी यांना त्या प्रकरणात अडकवून राजकीयदृष्टय़ा संपवण्याचे ते काँग्रेसचे प्रयत्न होते असे सांगून ते म्हणाले की, काँग्रेसने यावर भूमिका स्पष्ट करावी. प्रतिज्ञापत्र कुणी व का बदलले हे सांगावे. माकपच्या वृंदा करात यांनी सांगितले की, ती चकमक होती. इशरत दहशतवादी होती की नाही हा वेगळा मुद्दा आहे.

‘काँग्रेसच्या देशविरोधी कारवाया’
रस्ते वाहतूक मंत्री नितीन गडकरी यांनी सांगितले की, त्यावेळी तत्कालीन गृहमंत्री चिदंबरम व काँग्रेस पक्षाने देशविरोधी कारवाया केल्या. त्यांची कृती दहशतवाद्यांना मदत करण्याची होती. गुन्हेगारांना शिक्षा झालीच पाहिजे.