इंडियन मुजाहिदीनच्या १०० हून अधिक दहशतवाद्यांना गजाआड केल्यानंतरही ही संघटना अद्याप खूप घातक असल्याचे विश्लेषण भारतातील सुरक्षा संस्थांनी केले आहे. इंडियन मुजाहिदीनचा म्होरक्या यासिन भटकळ आणि त्याचा साथीदार असदुल्ला अख्तर यांना ऑगस्टमध्ये नेपाळच्या सीमेवरून अटक करण्यात आली. या दोघांकडे गेल्या दीड महिन्यांपासून सुरू असलेल्या चौकशीतून वेगवेगळी माहिती पुढे आलीये. 
इंडियन मुजाहिदीनच्या शाखा आता पाकिस्तानसोबतच अफगाणिस्तानातही सुरू झाल्या आहेत. तिथे या संघटनेचे दहशतवादी तालिबान्यांसोबत काम करीत असल्याचे या दोघांनी सांगितले. मुळच्या इंडियन मुजाहिदीनचे आता तीन तुकडे झाले आहेत. आमीर रझा खान ऊर्फ रिझवान हा संघटनेचा म्होरक्या होता. मात्र, तो आता या संघटनेतून बाहेर पडला असून, त्याने स्वतःची वेगळी संघटना सुरू केलीये. पाकिस्तानी गुप्तचर संघटना आयएसआयचा या संघटनेला पाठिंबा असल्याची कबुली भटकळने दिलीये.
इंडियन मुजाहिदीनमध्ये फूट पडल्यामुळे आणि या संघटनेच्या असंख्य दहशतवाद्यांना अटक करण्यात आल्यामुळे तिची ताकद कमी झाली असेल, असे आम्हाला वाटत होते. मात्र, वास्तविक इंडियन मुजाहिदीनचा वेगवेगळ्या अंगांनी विस्तारच झाल्याचे दिसू लागलंय. फूट पडल्यानंतर निर्माण झालेल्या प्रत्येक गटाचे हस्तक भारतात कार्यरत आहेत आणि या संघटनांकडे मोठ्या प्रमाणात मनुष्यबळही उपलब्ध आहे, असे दहशतवादविरोधी पथकातील एका अधिकाऱयाने सांगितले.
२००८ मध्ये बाटला हाऊस चकमकीनंतर इंडियन मुजाहिदीन संघटनेच्या रचनेत मोठ्या प्रमाणात बदल झाले, असेही दिसून आले.