केंद्र सरकारने नोटाबंदीचा निर्णय जाहीर केल्यानंतर काही ठराविक सहकारी बँकांकडून गैरप्रकार करण्यात आल्याचा संशय आयकर विभागातील सूत्रांनी व्यक्त केला आहे. सूत्रांच्या या माहितीनुसार, देशातील काही सहकारी बँकांनी प्रमाणापेक्षा जास्त नोटा रिझर्व्ह बँकेकडे जमा केल्या आहेत. आयकर विभागाने मुंबई आणि पुण्यात केलेल्या सर्वेक्षणातदेखील ही बाब उघड झाली आहे. यावेळी सहकारी बँकांनी रिझर्व्ह बँकेत जमा केलेल्या नोटा आणि त्यांच्याकडे असणाऱ्या नोटांच्या साठ्याचे प्रमाण व्यस्त आढळून आल्याचे सूत्रांचे म्हणणे आहे. त्यामुळे काही सहकारी बँकांकडून गैरप्रकार केल्याचा संशय निर्माण झाल्याचे आयकर विभागाच्या सूत्रांनी म्हटले आहे.

पंतप्रधान नरेंद्र मोदी यांनी ८ नोव्हेंबर रोजी ५०० आणि १००० रूपये मुल्याच्या नोटा चलनातून बाद झाल्याचे जाहीर केले होते. त्यामुळे या जुन्या नोटा बँकेत जमा करणे क्रमप्राप्त झाले होते. सुरूवातीला सर्वच बँकांना जुन्या नोटा स्विकारण्याची परवानगी दिली होती. मात्र, या बँकांकडून काळा पैसा पांढरा करण्यात येत असल्याचे प्रकार समोर आल्यानंतर रिझर्व्ह बँकेने सहकारी बँकांमध्ये जुन्या नोटा स्विकारण्यावर बंदी घातली होती.  या गैरव्यवहारात अनेकांचे लागेबंधे दिसून आल्याचे अहवालात सांगण्यात आले आहे. या बँकांनी मोठ्या चातुर्याने काळा पैसा पांढरा करण्याचा मार्ग अवलंबला होता. राजस्थानमधील अलवर येथील एका बँकेच्या संचालकांनी ९० लोकांच्या नावाने कर्ज काढले आणि ८ कोटींचा चुना लावल्याचे आढळून आले होते. तर व्यवस्थापनाने दोन कोटी रूपयांचे व्यक्तिगत बेहिशेबी पैसा पांढरा करण्यासाठी वापरला. जयपूर येथील एका सहकारी बँकेत दीड कोटी रूपये बँकेच्या क्लिअरिंग रूममधील एका कपाटात सापडले. आयकर विभागाने अनेक शहरांतील बँकांचे लॉकर तपासले असता मोठ्याप्रमाणात रोकडे आढळून आली. यामध्ये सोलापूर, पंढरपूर, सूरत आणि जयपूर येथील बँकांचा यामध्ये समावेश होता. नोटाबंदीचा निर्णय जाहीर केल्यानंतर काही दिवसांत जिल्हा मध्यवर्ती बँकांमध्ये मोठ्याप्रमाणात ५०० व १००० रूपयांच्या नोटांच्या स्वरूपात रक्कम जमा झाली होती. त्यामुळे रिझर्व्ह बँकेने मध्यवर्ती बँकांना जुन्या नोटा स्वीकारण्यास बंदी घातली होती. त्यामुळे केंद्र सरकार व रिझर्व्ह बँकेलाही टीकेला सामोरे जावे लागले होते. महाराष्ट्रातील नेत्यांनी केंद्र सरकारला भेटून ही बंदी उठवण्याची मागणी केली होती. परंतु अद्याप यावर निर्णय झालेला नाही.