मुझफ्फरनगर आणि त्याच्या आसपासच्या प्रदेशात झालेल्या दंगलींमागे अखिलेश यादव यांच्या नेतृत्वाखालील समाजवादी पक्षाच्या सरकारचा निष्काळजीपणाच कारणीभूत असल्याची टीका सर्वोच्च न्यायालयाने केली. प्रथमदर्शनी तरी या निष्काळजीपणामुळेच दंगली नियंत्रणात आणता आल्या नाहीत, असे आपले मत असल्याचे खंडपीठाने नोंदवले. मात्र त्याचवेळी, केंद्रीय अन्वेषण विभाग (सीबीआय) किंवा विशेष तपास पथक (एसआयटी) यांच्याद्वारे या दंगलींची चौकशी करण्याचे आदेश देण्यास स्पष्ट नकार दिला.सरन्यायाधीश पी. सथसिवम् यांच्या अध्यक्षतेखालील खंडपीठासमोर या प्रकरणाची सुनावणी सुरू आहे. या प्रकरणी तपास कसा केला जावा तसेच, या दंगलीनंतर पीडितांचे पुनर्वसन कसे करावे याविषयी खंडपीठाने अनेक मार्गदर्शनपर सूचना केल्या. या दंगली ज्यांच्यामुळे घडल्या अशा सर्वाना त्यांच्या ‘राजकीय प्रभावळी’च्या निरपेक्ष आरोपी म्हणून न्यायासनासमोर उभे केले जावे, अशी सूचनाही खंडपीठाने केली. या प्रकरणी न्यायालयात दाखल करण्यात आलेले खटले निकाली लागेपर्यंत दंगलग्रस्तांना संपूर्ण संरक्षण देण्यात यावे, असे आदेशही उत्तर प्रदेश सरकारला देण्यात आले.मात्र दंगली आटोक्यात न येण्यामागे उत्तर प्रदेश सरकारचा हलगर्जीपणाही तितकाच कारणीभूत असल्याचे खंडपीठाचे प्रथमदर्शनी मत असल्याचा ठपका यावेळी सरकारवर ठेवण्यात आला. ७ सप्टेंबर, २०१३ रोजी मुझफ्फरनगर आणि परिसरात उसळलेल्या दंगलींमधील पीडितांच्या वतीने सर्वोच्च न्यायालयात अनेक याचिका दाखल करण्यात आल्या होत्या. त्यात करण्यात आलेल्या विविध मागण्यांवर सर्वोच्च न्यायालयाच्या खंडपीठासमोर, सुनावणी झाली.उत्तर प्रदेश सरकारने या प्रकरणाची चौकशी करण्यासाठी विशेष तपास यंत्रणा स्थापन केल्यामुळे दंगलींची चौकशी अन्वेषण विभागाकडे किंवा विशेष तपास पथकाकडे देण्याची गरज नसल्याचा निर्वाळाही खंडपीठाने यावेळी दिला.
