शोध आणि निवड समितीने केलेल्या शिफारशींनुसार यूपीएच्या राजवटीत काही विद्यापीठांच्या कुलगुरूंच्या नियुक्त्या करण्यात आल्या असल्याने त्याबाबत करण्यात येणारे कोणतेही भाष्य विद्यापीठांच्या स्वायत्ततेविरोधात होईल, असे स्पष्ट करून सरकारने बुधवारी या बाबतचा वाद शमविण्याचा प्रयत्न केला.लष्करातील अधिकारी आणि सनदी अधिकारी यांची विद्यापीठांचे कुलगुरू म्हणून करण्यात आलेल्या नियुक्त्यांचा मुद्दा भाजपच्या सदस्याने लोकसभेत प्रश्नोत्तराच्या तासाला उपस्थित केला. तेव्हा केंद्रीय मनुष्यबळविकास मंत्री स्मृती इराणी यांनी या नियुक्त्यांचे जोरदार समर्थन केले.अलीगड मुस्लीम विद्यापीठाचे कुलगुरू म्हणून लेफ्ट. जन. (निवृत्त) झमीरुद्दीन शाह यांची नियुक्ती करण्यात आल्याचा संदर्भ देऊन स्मृती इराणी म्हणाल्या की, शाह यांची नियुक्ती यूपीए सरकारने केली आहे. शोध आणि निवड समितीने ही नियुक्ती केली असल्याने लोकशाहीत आपल्याला त्याचा स्वीकार केलाच पाहिजे, असेही इराणी म्हणाल्या.
