विद्यापीठातील कामकाजावर प्रश्न उपस्थित करत कुलगुरू डॉ. राजन वेळूकर यांना हटविण्याची मागणी करण्याचा मानस राज्यातील उच्च शिक्षण सुधार संयुक्त कृति समिती राज्यपालांकडे एका पत्राद्वारे करणार आहे. राज्यपालांनी यावर कारवाई नाही केली तर सध्या सुरू असलेल्या हिवाळी अधिवेशनानंतर प्राध्यापक आणि विद्यार्थी उपोषणास बसणार असल्याचे समितीतर्फे स्पष्ट करण्यात आले.  
२०११ पासून विद्यापीठातील मान्य पदांचे वेतन प्रशासनाच्या निष्काळजीपणामुळे विद्यापीठाला स्वत:च्या निधीतून द्यावे लागत आहे. यामुळे विद्यापीठाचे कोटय़वधींचे नुकसान होत आहे. तसेच गेल्या अनेक वर्षांपासून बहुतांश महाविद्यालयांनी विद्यापीठाला शुल्काची रक्कम दिलेली नाही, त्यावर विद्यापीठाने कोणतीही कारवाई केली नाही. विद्यापीठाच्या विविध मंडळांवर पात्र नसलेले सभासदांची नेमणूक करण्यात आली आहे. असे विविध १६ आक्षेप कृति समितीने विद्यापीठाच्याविरोधात नोंदविले आहे.
विद्यापीठात एवढे गैरव्यवस्थापन होत असून याला कुलगुरू कारणीभूत आहेत यासाठी राज्यपालांनी याबाबत दखल घ्यावी आणि कुलगुरूंना पदावरून कमी करावे अशी मागणी करणार असल्याची माहिती कृति समितीचे प्राध्यापक नीरज हातेकर यांनी दिली. कुलगुरू यांच्या पात्रतेबाबतही प्रश्नचिन्ह उपस्थित करत हातेकर यांनी त्यांच्या पात्रतेसंबंधित न्यायालयात दोन वेळा प्रतिज्ञापत्र सादर केल्याचे नमूद केले.
प्राध्यापक हातेकर यांच्या पत्रकार परिषदेबाबत विद्यापीठाने खुलासा करत सर्व निर्णय हे कुलगुरू घेत नसल्याचे स्पष्ट केले आहे.
विद्यापीठात निर्णय घेण्यासाठी विद्वत परिषद, विद्या शाखा, अभ्यासमंडळे, व्यवस्थापन परिषद कार्यरत असतात. यामुळे सर्वच निर्णय कुलगुरू घेतात हा आरोप दिशाभूल करणारा असल्याचे विद्यापीठाच्या प्रसिद्धीपत्रकात नमूद करण्यात आले आहे. तसेच गेल्या तीन वर्षांत विद्यापीठाने चांगली प्रगती केली असून अभ्यास मंडळाच्या झालेल्या सात बैठकांपैकी केवळ एकाच बैठकीला प्राध्यापक हातेकर उपस्थित होते असेही विद्यापीठाने नमूद केले.