खाण्यासाठी सोयाबीन तेलाचा वापर केल्याने मेंदूत घातक जनुकीय बदल होतात, असा दावा एका संशोधनात करण्यात आला असून या तेलामुळे लठ्ठपणा व मधुमेहासही उत्तेजन मिळते असाही इशारा देण्यात आला आहे. या तेलामुळे मेंदूत जे बदल होतात त्यामुळे स्वमग्नता, स्मृतिभ्रंश (अल्झायमर) यासारखे आजार निर्माण होतात. कॅलिफोर्निया विद्यापीठाच्या संशोधकांनी म्हटले आहे,की चटपटीत अन्नपदार्थ बनवण्यासाठी सोयाबीन तेलाचा वापर नेहमीच केला जातो. पाकिटबंद पदार्थातही त्याचा वापर केला जातो. सोयाबीन हे जनावारांनाही काही भागात खाऊ घातले जाते. ‘एंडोक्रायनोलॉजी’ या नियतकालिकात म्हटले आहे,की सोयाबीन तेल, कमी लिनोलिक आम्ल असलेले सोयाबीन तेल व खोबरेल तेल अशी तीन प्रकारची तेले उंदरांना देण्यात आली असता त्यांच्यात वेगळे परिणाम दिसून आले. २०१५ मध्ये अशाचा एका प्रयोगात सोयाबीन तेलामुळे लठ्ठपणा, मधुमेह, इन्शुलिन प्रतिकार व यकृताला सूज हे विकार निर्माण होत असल्याचे दिसून आले होते. २०१७ मधील अभ्यासात असे दिसून आले,की जर कमी लिनोलिक आम्ल असलेले तेल सेवन केले तर त्यामुळे लठ्ठपणा व मधुमेहाची समस्या निर्माण होण्याचा धोका कमी असतो, पण आताच्या अभ्यासात पूनमजोत देवल यांनी म्हटले आहे,की कमी लिनोलिक आम्ल असलेले तेल व साधे सोयाबीन तेल दोन्ही मेंदूला सारखेच घातक असते. या तेलामुळे मेंदूतील हायपोथॅलमस भागावर परिणाम होतो. हा भाग माणसाचे वजन, तापमान व इतर बाबी नियंत्रित करीत असतो. त्यामुळे हायपोथॅलमसमध्ये ऑक्सिटोसिनचे प्रमाण कमी होते. एकूण १०० जनुकांवर या तेलाने विपरीत परिणाम होतो. याशिवाय स्वमग्नता, कंपवात (पार्किन्सन) यासारख्या आजारांचा धोका वाढतो. मात्र, सोयाबीनच्या टोफू, सोयामिल्क, एडमीम, सॉय सॉस या उत्पादनांनी हे धोके निर्माण होतात असे सिद्ध झालेले नाही. शिवाय वर उल्लेख केलेले रोग सोयाबीन तेलाने होतात असेही अजून ठामपणे सिद्ध झालेले नाही, पण या तेलामुळे या रोगांची जोखीम वाढू शकते इतकाच या संशोधनाचा मर्यादित अर्थ आहे.