राज्यात राष्ट्रीय ग्रामीण पेयजल अभियानांतर्गत पिण्याच्या पाण्याची गुणवत्ता सुधारण्यात काही प्रमाणात यश मिळाले असले, तरी अजूनही ९४९ गाव-वस्त्यांमधील नागरिकांना फ्लोराईड, आयर्न, नायट्रेट यासारख्या घटकांमुळे दूषित झालेले आणि खारे पाणी पिण्याशिवाय पर्याय नाही. पिण्याचे स्वच्छ पाणी उपलब्ध करून देण्याच्या बाबतीत इतर राज्यांच्या तुलनेत महाराष्ट्राची गती देखील मंदावल्याचे दिसून आले आहे. सर्व गाव-वस्त्यांना शुद्ध पिण्याचे पाणी उपलब्ध करून देण्यासाठी १९८६ मध्ये राष्ट्रीय पेयजल मिशनची स्थापना करण्यात आली होती. प्रत्येक व्यक्तीला दररोज ४० लिटर स्वच्छ पिण्याचे पाणी पुरवण्याचा उद्देश या अभियानात ठेवण्यात आला. कागदोपत्री या अभियानाची स्थिती चांगली आहे, पण अजूनही अनेक गावांमध्ये टँकरने पाणी पुरवण्याखेरीज दुसरा इलाज नाही. पिण्याचे पाणी उपलब्ध करून देण्यात आलेले अपयश समोर असताना दूषित पाण्याचा प्रश्नही सोडवण्यात यश मिळालेले नाही. उपलब्ध आकडेवारीनुसार राज्यात सुमारे ९४९ गाव-वस्त्यांमध्ये खारेपाणी, फलोराईड, आयर्न आणि नायट्रेटचे अधिक्य आढळून आले आहे. खारेपणा, फलोराईड आणि आयर्न हे नैसर्गिकरीत्या पाण्यात मिसळले जात असते, पण नायट्रेटचे प्रमाण हे रासायनिक खते आणि सांडपाण्यामुळे वाढते. राज्यातील सुमारे ४८३ लोकवस्त्यांमध्ये पिण्याच्या पाण्यात फ्लोराईडचे प्रमाण धोकादायक आहे. ३३७ ठिकाणी आयर्न, ५०९ वस्त्यांमध्ये नायट्रेट अधिक प्रमाणात पिण्याच्या पाण्यात मिसळले गेल्याने त्या ठिकाणच्या पेयजलाची गुणवत्ता बाधित झाली आहे. ३४२ वस्त्यांमध्ये खाऱ्या पाण्याची समस्या आहे. मुळात ग्रामीण पाणी पुरवठा कार्यक्रमांमध्ये २० टक्के निधी हा पेयजलाच्या गुणवत्तेशी संबंधित प्रश्न सोडवण्यासाठी राखून ठेवण्याची तरतूद आहे, तरीही अभियानात नव्याने धोकादायक घटकांच्या गुणवत्ता तपासणीसाठी आणि पेयजल शुद्धता कायम राखण्यासाठी नवीन कार्यक्रम केंद्र सरकारला सुरू करावा लागला. राज्यात सद्यस्थितीत सुमारे ३५ लाख, ३३ हजार नागरिकांना फ्लोराईड, नायट्रेट, आयर्नयुक्त आणि खारे पाणी प्यावे लागत आहे, कारण त्यांच्यासाठी दुसरा कोणताही पर्याय उपलब्ध नाही. २०१० मध्ये पेयजल गुणवत्ताबाधित वस्त्यांची संख्या ४ हजार १२२ होती. ती ९४९ पर्यंत कमी करण्यात या अभियानाला यश मिळाले असले, तरी पिण्याच्या पाण्याची गुणवत्ता सुधारण्याची गती संथ आहे. २०१४-१५ या वर्षांत राष्ट्रीय ग्रामीण पेयजल कार्यक्रमासाठी राज्याला ७८० कोटी रुपयांचा निधी मिळाला होता. तो २०१५-१६ या वर्षांत ३४४ कोटींवर आला. २०१६-१७ मध्ये ४१३ कोटी रुपये उपलब्ध करून देण्यात आले होते. निधी कमी झाल्याने योजनांच्या अंमलबजावणीवर परिणाम झाला. अजूनही हा प्रश्न सोडवण्यासाठी गावकऱ्यांना बराच काळ वाट पाहावी लागणार आहे. राज्यातील अहमदनगर, बीड, चंद्रपूर, भंडारा, धुळे, गडचिरोली, गोंदिया, बुलढाणा, जळगाव, जालना, नागपूर, नांदेड, ठाणे, वर्धा आणि यवतमाळ या जिल्ह्य़ांमध्ये दूषित पाणी उपलब्ध असलेल्या गावांची संख्या जास्त आहे. या गावांमध्ये फ्लोराईडचे प्रमाण १.५ मि.ग्रॅ. प्रतिलीटरपेक्षा जास्त, नायट्रेटचे प्रमाण ४५ मि.ग्रॅ.पेक्षा जास्त असल्याचे निदर्शनास आले आहे. काही गावामध्ये तर जड धातूंचेही प्रमाण अधिक आहे.
