विविध आरोप आणि पदाचा दुरुपयोग केल्याचे कागदपत्रांवरूनच स्पष्ट झाल्याने भाजपच्या नेतृत्वाने एकनाथ खडसे यांची अखेर मंत्रिमंडळातून हकालपट्टी करून पक्षाचे अन्य मंत्री व नेत्यांनाही सूचक इशारा दिला. दरम्यान, खडसे यांच्यावरील साऱ्या आरोपांची सखोल चौकशी व्हावी, अशी मागणी काँग्रेसचे प्रदेशाध्यक्ष अशोक चव्हाण यांनी केली आहे. तर चौकशीचा फार्स करून काही दिवसांनी त्यांचा मंत्रिमंडळात पुन्हा समावेश केला जाऊ शकतो, असे मत विरोधी पक्षनेते राधाकृष्ण विखे-पाटील यांनी व्यक्त केले आहे.
मात्र, खडसे यांच्या राजीनाम्याने त्यांचे जळगावमधील समर्थक नाराज झाले आहेत. खडसे यांच्या समर्थनार्थ जळगावमधील भाजपच्या १४ नगरसेवकांनी राजीनामा दिला आहे. त्याचप्रमाणे जळगाव भाजपचे आणखी काही पदाधिकारीही राजीनामे देण्याची शक्यता वर्तवली जात आहे. एकनाथ खडसे यांनी शनिवारी राजीनामा दिल्यानंतर जळगाव येथील त्यांच्या समर्थकांमध्ये संतापाचे वातावरण निर्माण झाले. मुक्ताईनगरमध्ये खडसे समर्थकांनी दुकाने बंद करायला भाग पाडले तसेच रस्त्यावर उतरुन जाळपोळही केली. काही ठिकाणी तर रास्ता रोकोही करण्यात आले  होते. तर दुसरीकडे जळगावात शिवसैनिकांनी फटाके फोडून खडसे यांच्या राजीनाम्याचे स्वागत केले.