कापूस खरेदी उंबरठय़ावर आलेली असतानाच नाफेडतर्फे खरेदी करणाऱ्या पणन महासंघाला अद्याप दलालीपोटी पैसे न मिळाल्याने कापूस खरेदीवर प्रश्नचिन्ह उमटले आहे. आर्थिक गर्तेत गेलेल्या पणन महासंघाचा कापूस खरेदीतील एकाधिकार संपुष्टात आल्यानंतर शासनाच्या सूचनेने महासंघ नाफे डचा एजंट म्हणून २००८ पासून कापूस खरेदी करू लागले. त्यावर दलालीपोटी दोन टक्के रक्कम अपेक्षित ठेवून महासंघाने प्रशासकीय खर्च केला. त्यानंतर २०१० ते २०१२ या हंगामात कापूस खरेदी शून्यावर आल्याने खर्च भागविण्याचा प्रश्न उत्पन्न झाल्यावर नाफे डकडून थकबाकी वसूल करण्याची बाब अपरिहार्य ठरली.
कमिशनपोटी २०१३ या वर्षांची थकबाकी १ कोटी ६२ लाख: तसेच २००८ व २००९ चे ११८.८ कोटी अशी एकूण ११९ कोटी ७० लाख रुपये महासंघास नाफेडकडून येणे आहेत. २०१२-१३ मध्ये शासनाने फरकाच्या रकमेपोटी दिलेले ५० कोटी रुपये पुरेशी खरेदी न झाल्याने शासनास परत करण्यात आले.
महासंघाचा मार्च २०१३ च्या प्रशासकीय खर्च २९ कोटी, ४० लाख ३४ हजार रुपये एवढा आहे. नाफेडची थकबाकी न मिळाल्याने योजनाबाह्य़ हिशोब पूर्ण करण्यासाठी कसरत करावी लागली. कापूसगाठी बांधण्यासाठी खरेदी झालेला कापड शिल्लक राहल्याने त्याची परत विक्री करून ९ लाख १४ हजार रुपये जमा झाले. महासंघाने ३१ गोदामे भाडय़ाने दिली होती. त्यापोटी आठ लाख मिळाले. २०१२ च्या हंगामात महाकॉट बियाणे विक्रीपोटी १३ लाख रुपयांचा नफा झाला. मॉसिकॉल या संस्थेचे सहा कोटी सत्तर लाख रुपये शासनाने १९९३ मध्ये  महासंघाकडे गुंतविले आहे. ही संस्था हस्तांतरित झाल्याने त्याच्या व्याजापोटी ५१ कोटी मिळणे बाकी आहे. त्यामुळे या संस्थेची मालमत्ता विकून वसुली करण्याची महासंघाची मानसिकता आहे.
एकूणच वसुलीची रक्कम मोठी असली तरी महासंघापुढे नाफे डची थकबाकी हा गंभीर प्रश्न ठरला आहे. तर नाफे डचे एजंट म्हणून काम पाहणाऱ्या महासंघास थकबाकी मिळाली नाही तरीही एजंट म्हणून कापूस खरेदी यावर्षी करायची का? असा प्रश्न पडला आहेच. शासनाने कापूस खरेदी खुली केल्यानंतर महासंघाच्या अस्तित्वावरच प्रश्नचिन्ह उमटले होते. नाफे डने हात दिल्यावर महासंघास काम मिळाले. आता या प्रकरणात कृषिमंत्री राधाकृष्ण विखे पाटील यांनीही हस्तक्षेप केल्याचे समजले. नाफेडकडून त्वरित वसुली करण्यासाठी सर्व ती पावले उचलण्याचे निर्देश त्यांनी महासंघास दिल्याची माहिती एका उच्चपदस्थ अधिकाऱ्याने दिली.