खडसे, खोतकर वगळता अन्य मंत्र्यांचे मौन भ्रष्टाचार किंवा अनियमिततेचा आरोप झालेल्या पंकजा मुंडे, विनोद तावडे, संभाजी निलंगेकर-पाटील, जयकुमार रावळ, गिरीश बापट आदी मंत्र्यांना मुख्यमंत्री देवेंद्र फडणवीस यांनी चौकशीविना अभय दिले असले तरी जालन्यातील कृषी उत्पन्न बाजार समितीतील घोटाळाप्रकरणी आम आदमी पार्टीने आरोप केलेले दुग्धविकास आणि वस्त्रोद्योग राज्यमंत्री अर्जुन खोतकर यांनी स्वत:हून आपल्यावरील आरोपांची चौकशी करण्याची मागणी मुख्यमंत्र्यांकडे केली. त्यानुसार मुख्य सचिवांना चौकशी करण्यास सांगण्यात आले असून, त्यात काही तथ्य आढळल्यास लाचलुचपत प्रतिबंधक विभागाची चौकशी केली जाणार आहे. शिवसेनेला अडचणीत आणण्याकरिता मुख्यमंत्र्यांकडून या चौकशीचा वापर केला जाऊ शकतो. गेल्या पावणेदोन वर्षांत भाजप आणि शिवसेनेच्या अनेक मंत्र्यांवर आरोप झाले. या सर्व आरोपांचा संबंधित मंत्र्यांनी इन्कार केला. सत्तेचा दुरुपयोग केल्याप्रकरणी एकनाथ खडसे यांना मात्र भाजपने घरचा रस्ता दाखविला. हा अपवाद वगळता सर्व मंत्र्यांना कोणत्याही चौकशीविना मुख्यमंत्री फडणवीस यांनी अभय दिले आहे. विरोधकांना कोणतेही पुरावे देता आलेले नाहीत, असा मुख्यमंत्र्यांचा त्यावर युक्तिवाद आहे. गेल्याच महिन्यात मंत्रिमंडळात समावेश करण्यात आलेले शिवसेनेचे राज्यमंत्री अर्जुन खोतकर यांच्या विरुद्ध आम आदमी पार्टीने ५०० कोटी रुपयांच्या घोटाळ्यांचा आरोप केला. जालना कृषी उत्पन्न बाजार समितीतील गाळे वाटपात हा घोटाळा झाल्याचा आरोप करण्यात आला होता. खोतकर यांनी हे सारे आरोप फेटाळले आहेत. शिवसेनेच्या राज्यमंत्र्याने चौकशीची स्वत:हून मागणी केल्याने भाजपची पंचाईत झाली आहे. कारण खडसे वगळता भाजपच्या अन्य कोणत्याही मंत्र्याने आरोपांच्या चौकशीची स्वत:हून मागणी केलेली नाही. आपल्यावर झालेल्या आरोपांची चौकशी करावी म्हणजे सत्य बाहेर येईल, अशी भूमिका खोतकर यांनी मांडली आहे. या संदर्भात मुख्यमंत्री फडणवीस यांची भेट घेऊन त्यांच्याकडे तसे पत्रच खोतकर यांनी सादर केले. आपण कोणतीही चुकीची गोष्ट केलेली नाही. नाहक बदनामी होण्यापेक्षा चौकशी व्हावी, अशी भूमिका असल्याचे खोतकर यांचे म्हणणे आहे. चौकशीची मुख्यमंत्र्यांची सूचना खोतकर यांच्यावरील आरोपांची चौकशी करण्याची सूचना मुख्यमंत्री फडणवीस यांनी मुख्य सचिव स्वाधिन क्षत्रिय यांना केली आहे. मुख्य सचिवांना चौकशीत काही तथ्य आढळल्यास अधिक चौकशीकरिता प्रकरण लाचलुचपत प्रतिबंधक विभागाकडे सोपविले जाईल, असे सांगण्यात येते. शिवसेनेला अडचणीत आणण्याकरिता शिवसेनेच्या राज्यमंत्र्यांच्या डोक्यावर चौकशीची टांगती तलवार ठेवली जाण्याची शक्यता नाकारता येत नाही.
