महाराष्ट्र नवनिर्माण वाहतूक सेनेच्या पदाधिकाऱ्यांविरोधातील गैरवर्तणुकीच्या वाढत्या तक्रारी व मनमानी पद्धतीने करण्यात आलेल्या नियुक्त्यांची दखल घेऊन मनसे अध्यक्ष राज ठाकरे यांनी वाहतूक सेनेचा अध्यक्ष या पदाव्यतिरिक्त सर्व पदे बरखास्त केली. वाहतूक व रस्ते-आस्थापना संघटनेत पदाधिकाऱ्यांनी अनेक गैरप्रकार केल्याच्या तक्रारी वाढू लागल्या होत्या. कंत्राटदारांना धमकावणे तसेच माहितीच्या अधिकाराचा दुरुपयोग करणे आदी तक्रारी येऊ लागल्या.  संघटनेच्या अध्यक्षांकडून विविध पदांवर मनमानी नियुक्त्या करण्यात येऊ लागल्याने राज  यांनी या दोन्ही संघटनांमधील सर्व पदे बरखास्त करण्याचा निर्णय घेतला.