वेळुकर यांच्या नियुक्तीला सर्वप्रथम उच्च न्यायालयात ठाण्याचे नितीन देशपांडे यांनी २०१० मध्ये म्हणजेच नियुक्तीनंतर आव्हान दिले होते. परंतु देशपांडे हे कुलगुरूपदाच्या स्पर्धेत नसल्याने त्यांना असे आव्हान देता येत नसल्याचा निर्वाळा न्यायमूर्ती बी. एच. मार्लपल्ले आणि न्यायमूर्ती एन. डी. देशपांडे यांनी दिला. परंतु त्याच वेळेस याचिकेत उपस्थित केलेला मुद्दा गंभीर असल्याचे नमूद करीत न्यायालयाने देशपांडे यांच्या याचिकेचे जनहित याचिकेत रूपांतर केले आणि तेव्हापासून चार वर्षे हे प्रकरण न्यायालयात प्रलंबित होते.  
देशपांडे यांच्यानंतर नंतर ए. डी. सावंत आणि वसंत गणू पाटील यांनी वेळुकर यांच्या कुलगुरूपदावरील निवडीला आव्हान दिले. या तिन्ही याचिकांवर सर्वप्रथम मुख्य न्यायमूर्ती मोहित शहा आणि न्यायमूर्ती गिरीश गोडबोले यांच्या खंडपीठासमोर सुनावणी झाली. तेव्हा खंडपीठाची मतभिन्नता झाली होती. निवडीसाठीच्या अटींनुसार, डॉ. वेळुकर पात्र ठरतात असा अभिप्राय मुख्य न्यायमूर्ती शहा यांनी दिला होता, तर गोडबोले यांनी वेळुकर यांच्या शोधनिबंधाचा दर्जा न्यायालय तपासू शकत नसल्याने समिती नेमून दर्जा तपासावा, असे आदेश दिले होते. त्यामुळे हे प्रकरण उच्च न्यायालयाच्या एकसदस्यीय न्यायालयाकडे वर्ग करण्यात आले होते. त्यानुसार न्यायमूर्ती एस. जे. वझिफदार यांच्यापुढे याप्रकरणी सुनावणी झाली असता त्यांनी न्यायमूर्ती गोडबोले यांच्या निकालाशी सहमती दर्शवली. शोधसमितीने डॉ. वेळुकर यांनी सादर केलेल्या १२ शोधनिबंधांची शहानिशा केली होती हे सिद्ध करणारा एकही पुरावा पुढे आला नसल्याचे न्यायमूर्ती वझिफदार यांनी म्हटले आहे. एवढेच नव्हे, तर वेळुकर यांनी त्यांच्या परिचय पत्रात पीएच.डी. पदवी प्राप्त केल्याची तारीखही दिलेली नाही. कुलगुरूपदासाठीच्या अटींपैकी एखादी अट योग्य उमेदवाराकरिता शिथिल करण्याचा अधिकार कुलपती आणि शोधसमितीला असल्याचे स्पष्ट करून मुख्य न्यायमूर्ती शहा यांनी डॉ. वेळुकर यांची नियुक्ती योग्य ठरवली होती. मात्र न्यायमूर्ती वझिफदार यांनी न्यायमूर्ती शहा यांचे हे म्हणणे अमान्य करीत कुलपतीला असे कुठलेही अधिकार नाहीत. तसेच शोध समितीने असा अधिकार वापरल्याची नोंदही नाही, असे स्पष्ट केले.  
११ डिसेंबर २०१४ रोजी न्यायमूर्ती हरदास आणि न्यायमूर्ती अनुजा प्रभुदेसाई यांच्या खंडपीठाने या प्रकरणी निकाल देत शोध समितीने वेळुकर यांना पात्र ठरविताना विशेषत: शोधनिबंधांबाबतच्या निकषांवरून पात्र ठरविताना सारासार विचार केलेला नसल्याचा निष्कर्ष नोंदवला आहे.  दरम्यान, निकालाला सर्वोच्च न्यायालयात आव्हान देण्यापूर्वी हा निकाल देणाऱ्या खंडपीठाकडून निकालांमधील काही बाबींबाबत आपल्याला स्पष्टीकरण हवे, असा दावा करत वेळुकर यांनी त्यासाठी अर्ज केला होता. पात्रता यादीत नावाचा समावेश करण्याविषयी आणि शोध समितीच्या अध्यक्षांनी प्रबंधांबाबत केलेल्या प्रतिज्ञापत्रातील काही मुद्दय़ांविषयी आपल्या वकिलांनी महत्त्वाचा युक्तिवाद केला होता. मात्र निकालात हा युक्तिवाद नमूद करण्यात आलेला नाही, असे वेळुकरांचे म्हणणे होते. त्यामुळे हा युक्तिवाद निकालात समाविष्ट करून घ्या अन्यथा तो का नमूद केला नाही याची कारणमीमांसा करण्याची विनंती वेळुकर यांनी अर्जाद्वारे केली होती. त्यावर मुख्य न्यायमूर्तीनी प्रकरण पुन्हा एकदा न्यायमूर्ती हरदास आणि न्यायमूर्ती प्रभुदेसाई यांच्या खंडपीठाकडे वर्ग केले.
 ५ फेब्रुवारी रोजी खंडपीठाने वेळुकरांचा हा अर्ज दाखल करून घेण्याजोगा नाही तसेच असे स्पष्टीकरण मागणारी तरतूद कायद्यात नाही, असे स्पष्ट करीत फेटाळून लावला होता. त्यानंतर मुख्य न्यायमूर्ती शहा आणि न्यायमूर्ती कुलाबावाला यांच्या खंडपीठासमोर  ११ फेब्रुवारी रोजी या प्रकरणी सुनावणी झाली. त्या वेळेस मुंबई विद्यापीठाच्या कुलगुरूपदासाठी आवश्यक असलेल्या पात्रतेच्या चौकटीत वेळुकर बसतात की नाही याचा पुनर्विचार करण्याचा निर्णय न्यायालयाने पुन्हा समितीकडे सोपवला.
यासाठी कुलपती म्हणून राज्यपालांनी दोन आठवडय़ांत शोध समिती स्थापन करावी व त्यानंतर चार आठवडय़ांत या समितीने वेळुकर हे कुलगुरूपदी पात्र की अपात्र आहेत याचा निर्णय द्यावा, असेही न्यायालयाने स्पष्ट केले आहे. शिवाय समितीने वेळुकरांची नियुक्ती अपात्र ठरविल्यास राज्यपालांनी वेळुकरांबाबत आवश्यक तो निर्णय घेण्याचेही न्यायालयाने आदेशात म्हटले आहे.

वेळुकर यांच्या पात्रता निकषांची तपासणी करण्याचे अधिकार जुन्याच शोध समितीला देण्यात येऊ नये. कारण, ज्या शोध समितीने पात्रता निकष धाब्यावर बसविले तीच समिती पुन्हा एकदा याची तपासणी कशी काय करणार? म्हणून त्याकरिता स्वतंत्र समिती स्थापण्यात यावी आणि या समितीत प्रशासकीय अधिकारी नसावे. कारण, यूजीसीच्या नव्या नियमांनुसार केवळ शिक्षणतज्ज्ञ शोध समितीत असायला हवे. मुळात शिक्षणाचा दर्जा खालावत असताना महत्त्वाच्या जागी दर्जेदार व्यक्तींची निवड होणे अपेक्षित आहे. शिक्षण क्षेत्रात तरी राजकारण्यांच्या वशिलेबाजीने निवडी होऊ नये. कारण, यात सुमार व्यक्ती महत्त्वाच्या पदांवर येत असल्याने त्यात भावी पिढीचेच नुकसान होणार आहे.
-डॉ.ए.डी.सावंत, माजी प्र-कुलगुरू, मुंबई विद्यापीठ आणि वेळुकराच्या निवडीला आव्हान देणारे याचिकाकर्ते
 ..
हा अत्यंत स्वागतार्ह निर्णय असून त्यामुळे विद्यापीठाची प्रतिष्ठा टिकून राहण्यास मदत होणार आहे.
-प्रा. नीरज हातेकर, संचालक, अर्थशास्त्र विभाग, मुंबई विद्यापीठ
 मुंबई विद्यापीठाचे अपात्र कुलगुरू वेळुकर यांना पदावरून दूर करण्याचा कुलपती यांनी घेतलेला निर्णय स्वागतार्ह आहे. हा निर्णय चार वर्षे अगोदर होणे गरजेचे होते.
– अ‍ॅड.मनोज टेकाडे, प्रहार विद्याथी संघटना
..
न्यायालयाने कुलगुरूंवर ताशेरे ओढले असताना त्यांनी या पदावर राहणे चुकीचेच होते. त्यामुळे, त्यांच्यावर करण्यात आलेली कारवाई योग्यच आहे. जोपर्यंत वेळुकर यांची निवडीसंदर्भात शोध समिती निर्णय घेत नाही, तोपर्यंत त्यांनी कुलगुरू पदापासून दूर राहिलेलेच बरे!
-आदित्य शिरोडकर, अध्यक्ष, महाराष्ट्र नवनिर्माण विद्यार्थी सेना
..
कुलगुरूंच्या हकालपट्टीमुळे विद्यार्थ्यांना आणि कर्मचाऱ्यांना न्याय मिळाला आहे. वेळुकर यांच्या कारभाराविरोधात युवा सेनेने वेळोवेळी आवाज उठविला होता. दोन महिन्यांपूर्वी शिवसेनेच्या आमदारांनी उच्च व तंत्र शिक्षणमंत्री विनोद तावडे यांची भेट घेऊन कुलगुरूंची हकालपट्टी करावी अशी मागणी केली होती.
-आदित्य ठाकरे, अध्यक्ष, युवा सेना