मुंबई विद्यापीठ हे सार्वजनिक विद्यापीठ आहे की खासगी असा प्रश्न उपस्थित करत प्राप्तीकर विभागाने मुंबई विद्यापीठाने उत्पन्न कमावल्याचा दावा केला आहे. ज्या सार्वजनिक संस्थांना राज्य सरकारकडून ५१ टक्क्यांहून अधिक अनुदान प्राप्त होते त्या संस्थांना करमुक्ती असते. मात्र, मुंबई विद्यापीठाचा वार्षिक अर्थसंकल्प २०० कोटी रुपयांचा आहे आणि राज्य सरकारकडून मिळणारे वार्षिक अनुदान फक्त २० कोटी रुपये असल्याचा युक्तीवाद प्राप्तीकर विभागानं केला आहे. तसेच, परीक्षा शुल्क, संलग्न शुल्क, पुनर्मूल्यांकन शुल्क यांद्वारे जमा होणाऱ्या महसूलाच्या फक्त ९० टक्के खर्च विद्यापीठ करत असल्याचेही निदर्शनास आणून देण्यात आले आहे. त्यामुळे मुंबई विद्यापीठ हे उत्पन्न कमावत असल्याने, तसेच अवघे १० टक्के अनुदान राज्य सरकारकडून मिळत असल्याने, हे विद्यापीठ खासगी संस्थेप्रमाणेच जोखले जावे आणि त्यांना प्राप्तीकराच्या कक्षेत आणले जावे असा दावा प्राप्तीकर विभागानं केला आहे. त्यानुसार मुंबई विद्यापीठानं ५० कोटी रुपये भरावेत अशी नोटीसही बजावल्याचे वृत्त टाइम्स ऑफ इंडियानं दिलं आहे. दरवर्षी विद्यापीठ खर्चापेक्षा अधिक महसूल मिळवत असल्यामुळे विद्यापीठानं कर भरावा अशी प्राप्तीकर विभागाची मागणी आहे. परंतु विद्यापीठ सदर कर भरण्यास नकार देत असल्याचे समोर आले आहे. मार्च २०१८च्या नोटीशीनुसार २००६-०७ ते २०१२-१३ या कालावधीसाठी विद्यापीठाच्या उत्पन्नावर ठरविण्यात आलेला कर ४७.५ कोटी रुपये इतका आहे. यातील ५० लाख रुपये विद्यापीठाने भरले आहेत. याप्रकरणी विद्यापीठाने त्यांची बाजू मांडण्यासाठी अंतर्गत लेखापालाची नियुक्ती केली आहे. प्राप्तीकर आयुक्तासमोर विद्यापीठाचे लेखापाल आणि वकील विद्यापीठाची बाजू मांडणार असल्याचे विद्यापीठाच्या प्रवक्त्याने सांगितले आहे.
