दूषित पाण्याचा प्रश्न सोडविण्यासाठी, तसेच मलवाहिन्यांची क्षमता वाढविण्यासाठी पालिकेने हाती घेतलेल्या सुक्ष्म बोगदा प्रकल्पाला रेल्वे सुरक्षा मंडळाने लाल सिग्नल दाखविला आहे. त्यामुळे या प्रकल्पाचे काम खोळंबले असून सायन ते कुर्ला भागातील नागरिकांचा दूषित पाण्याचा प्रश्न सोडविणे पालिकेला अशक्य बनले आहे. महाकाली गुंफांना हादरे बसत असल्यामुळे पवई ते वेरावली दरम्यान खोदण्यात येणाऱ्या जलबोगद्याचे काम पुरातत्त्व खात्याने बंद पाडल्यानंतर आता रेल्वे सुरक्षा मंडळाने सूक्ष्म बोगद्याचे काम रोखले आहे. त्यामुळे मुंबईकरांच्या दृष्टीने महत्त्वाच्या ठरणाऱ्या प्रकल्पांना खीळ बसू लागली आहे.
जुन्या जीर्ण झालेल्या मलवाहिन्यांतील मलजल, सांडपाणी जलवाहिन्यांमध्ये जाऊन दूषित पाण्याचा पुरवठा होत असल्याच्या तक्रारी महापालिकेकडे  नागरिक वारंवार करीत असतात. दूषित पाण्याचा प्रश्न निकालात काढण्यासाठी पालिकेने मलनि:सारण प्रकल्प हाती घेतला आहे. या प्रकल्पाअंतर्गत सायन ते कुर्ला रेल्वे मार्गाखालून सूक्ष्म बोगदा बांधण्याचा निर्णय पालिकेने घेतला होता. त्यासाठी मुंबई रेल्वे विकास महामंडळाकडून परवानगी घेण्यात आली. परवानगी मिळताच पालिकेने सूक्ष्म बोगद्याचे काम सुरू केले. चुनाभट्टी येथे बोगद्याचे काम सुरू असताना रेल्वे सुरक्षा मंडळाने त्यास हरकत घेतली. इतकेच नव्हे तर बोगद्याचे काम करणाऱ्या कंत्राटदाराच्या दोन कर्मचाऱ्यांना पकडून महानगर दंडाधिकाऱ्यांच्या न्यायालयात उभे केले. न्यायालयाने त्यांच्यावर दंडात्मक कारवाई केली. तसेच बोगद्याच्या कामासाठी वापरण्यात येणारे मशीन्सही जप्त करण्यात आली.
या प्रकल्पाचे काम बंद करताना रेल्वे सुरक्षा मंडळाने पालिका अधिकाऱ्यांना कोणतीही कल्पना दिली नाही. तसेच या कामास हरकत असल्याची नोटीसही पालिकेला पाठविली नाही. थेट कारवाई करून हे कामच बंद पाडले. सुरक्षिततेचे कारण पुढे करून हे काम बंद करण्यात आले आहे. आता या प्रकल्पासाठी पालिकेला रेल्वे सुरक्षा मंडळाची परवानगी घ्यावी लागणार आहे. त्यानंतरच हे काम सुरू होऊ शकेल.