मालेगावात २००६ मध्ये ‘शब्ब-ए-बरात’च्या दिवशी मशिदीबाहेर झालेल्या बॉम्बस्फोटप्रकरणी राष्ट्रीय तपास यंत्रणेने (एनआयए) लोकेश शर्मा, धनसिंग, राजेंद्र चौधरी आणि मनोहर अशा चार आरोपींविरुद्ध बुधवारी आरोपपत्र दाखल केले. तर  २००८ साली मालेगावात झालेल्या स्फोटप्रकरणीही आरोपी असलेल्या धनसिंग याला त्या प्रकरणात विशेष न्यायालयाने बुधवारी जामीन मंजूर केला.
वारंवार मुदतवाढ देऊनही २००८ सालच्या बॉम्बस्फोटप्रकरणी ‘एनआयए’ने धनसिंगवर पुरवणी आरोपपत्र दाखल न केल्याने त्याच मुद्दय़ाच्या आधारे न्यायालयाने त्याला जामीन मंजूर केला.
विशेष न्यायालयात ‘एनआयए’ने शर्मा, धनसिंग, चौधरी आणि मनोहर या चार आरोपींविरुद्ध ६० पानांचे आरोपपत्र दाखल केले. आरोपपत्रात शर्माला स्फोटाचा मुख्य सूत्रधार दाखविण्यात आले आहे.  
चारही आरोपींवर स्फोटाचा कट रचणे, खून करणे, गंभीर दुखापत करणे, स्फोटके कायदा आदी कायद्याअंतर्गत आरोपपत्र दाखल करण्यात आले आहे. याप्रकरणी फरारी आरोपी रामचंद्र कलसंगरा ऊर्फ रामजी याला आधी मुख्य आरोपी दाखविण्यात आले होते. मात्र नंतर ‘एनआयए’ने कलसंगरा, संदीप डांगे आणि अमीत हलका यांच्याविरोधातील तपास अद्याप सुरू असल्याचे स्पष्ट केले होते. तिघेही फरारी आहेत. आरोपपत्रानुसार चौधरी हासुद्धा कटाच्या मुख्य सूत्रधारांपैकी एक आहे. तर धनसिंगने कलसंगरा, चौधरी आणि हलकासोबत घटनास्थळाची पाहणी केली होती.
 तपासाबाबत प्रश्नचिन्ह
 सुरुवातीला या प्रकरणी ‘सिमी’ संघटनेच्या सदस्यांना अटक करण्यात आली होती. सीबीआयनेही या प्रकरणाचा तपास केला होता. परंतु या प्रकरणी मुस्लिम नव्हे, तर हिंदू दहशतवादी संघटनेचा हात असल्याचे उघड झाल्यानंतर राज्याच्या दहशतवादी पथक आणि सीबीआय तोंडघशी पडून त्यांच्या तपासाबाबत प्रश्नचिन्ह उपस्थित करण्यात आले.