केंद्रीय गुन्हे अन्वेषण विभागाच्या तपासातील माहिती शीना बोरा हिच्याशी साखरपुडा होऊन लग्न करण्याच्या तयारीत असलेल्या राहुल मुखर्जी याने शीना गायब होताच तिचा शोध सुरू केला होता. वडील पीटर यांच्याकडे तो वारंवार विचारणा करीत होता. शीनाशी प्रत्यक्ष बोलणे करून देण्याची विनंती करीत होता. परंतु पीटरने ती विनंती फेटाळली होती, अशी माहिती केंद्रीय गुन्हे अन्वेषण विभागाच्या तपासात स्पष्ट झाली आहे. इंद्राणीला राहुल आवडत नव्हता. शीनासोबत असलेल्या संबंधांमुळेच खरेतर राहुलबद्दल तिला राग होता. त्यामुळे शीनाची हत्या केल्यानंतर तिच्या मोबाइल फोनवरून पाठविलेले संदेश वा शीना असल्याचे भासवून एकदा प्रत्यक्ष बोलण्याचा प्रयत्न झाल्यानंतरही राहुलने आपल्याला फक्त शीनाशी एकदा बोलायचे आहे. तिचा आवाज ऐकून तिने नकार दिल्यानंतर आपण तिच्या आयुष्यात पुन्हा येणार नाही, असे त्याने पीटरला पाठविलेल्या ई-मेलमध्ये म्हटले होते. परंतु त्याची ही मागणी पीटरने साफ फेटाळली होती. मुंबई पोलिसांच्या तपासातदेखील ही बाब अधोरेखित झाली होती. परंतु सीबीआयने याबाबत पीटरकडे वारंवार विचारणा करतानाच शीनाशी प्रत्यक्ष बोलणे का करून दिले नाही, हा मुद्दा पकडूनच पीटरला अटक करण्याचा निर्णय घेतला असेही सूत्रांनी सांगितले. सीबीआयमधील सूत्रांनी दिलेल्या माहितीनुसार, शीनाची हत्या झाल्यानंतरच्या काळातील पीटरच्या वर्तनात अनेक मुद्दे पुढे आले आहेत. त्यावरून पीटरला शीनाची हत्या करण्यात आली याची कल्पना होती, असा सीबीआय सूत्रांचा दावा आहे.
