मुंबईतून राज्यातील वेगवेगळ्या भागांत धावणाऱ्या एक्स्प्रेस गाडय़ांना ठाणे स्थानकात थांबा देण्यात आला असला तरी या गाडय़ांच्या थांब्यांच्या यादीत ठाणे स्थानकाचा अद्याप समावेश करण्यात आलेला नाही. त्यामुळे अशा तात्पुरता थांबा देण्यात आलेल्या गाडय़ांचे ठाणे स्थानकातून आरक्षणच मिळत नसल्याची माहिती हाती आली आहे. लातूर एक्स्प्रेस, मुंबई-मनमाड राज्यराणी एक्स्प्रेस, मनमाड-मुंबई पंचवटी एक्स्प्रेस आणि पुणे-मुंबई सिंहगड एक्स्प्रेस या गाडय़ांचा यात समावेश असून ऑनलाइन किंवा ऑफलाइन पद्धतीने या गाडय़ांचे आरक्षण ठाणे स्थानकातून उपलब्ध होत नाही. या गाडय़ांचे मुंबईपासूनचे आरक्षण उपलब्ध करून देण्यात येत असून ठाण्यातून प्रवास करणाऱ्या प्रवाशांना अधिकचे पैसे मोजून ही आरक्षणे मिळवावी लागत आहेत.
ठाणे रेल्वे स्थानकातून महाराष्ट्राच्या वेगवेगळ्या जिल्ह्य़ांत प्रवास करणाऱ्या प्रवाशांची संख्या मोठी असून या प्रवाशांसाठी ठाणे रेल्वे स्थानकात सगळ्या लांब पल्ल्याच्या गाडय़ांना थांबा देण्याची मागणी केली जात आहे.