पाकिस्तानातील जैश-ए-मोहम्मदचा नेता मौलाना मसूद अझर याने ‘आयएसआय’च्या आदेशावरून काश्मीरमधील गाझीबाबा या सर्वोच्च कमांडरशी संपर्क साधला आणि त्याला भारतातील अतिमहत्त्वाच्या संस्थांवर हल्ला करण्याची योजना असल्याचे सांगितले. त्यानुसार गाझीबाबाने तारिक अहमद याच्याशी संपर्क साधला आणि कारवाईची तयारी करण्याचे फर्मान सोडले. त्यानंतर तारिकने मोहम्मद अफझल याच्याशी संपर्क साधून त्याला काश्मीर मुक्तीसाठी ‘जिहाद’ला तयार राहण्याबाबत मन वळविले. अफझलने गाझीबाबाची भेट घेतली आणि कट रचण्यात आला. जैश-ए-मोहम्मद आणि लष्कर-ए-तोयबा यांनी संयुक्तपणे कारवाई करण्याचे ठरविले. मोहम्मद याच्यापासून सुरुवात करून अफझलने हैदर, हमजा, राजा आणि राणा यांनाही जमविले. त्यानंतर मोठय़ा प्रमाणावर शस्त्रे आणि स्फोटके गोळा करण्यात आली. इतकेच नव्हे तर लॅपटॉप, संगणकही उपलब्ध करून देण्यात आले आणि दिल्लीत त्यांच्यासाठी वास्तव्याचीही तयारी करण्यात आली. दिल्लीत अफझलचा चुलता शौकत, त्याची पत्नी अफशा आणि दिल्ली विद्यापीठातील अरबी भाषेचे प्राध्यापक एसएआर गिलानी यांच्याशी संपर्क साधण्यात आला आणि कटाची योजना सुरू झाली, असे सरकारी पक्षाच्या वतीने न्यायालयात स्पष्ट करण्यात आले.
अफझलने दहशतवाद्यांना आवश्यक ती रसायने आणि स्फोटके तयार करण्यासाठी मिक्सर-ग्राइंडर घेण्यास मदत केली. पांढऱ्या रंगाची अ‍ॅम्बेसिडर गाडी, लाल दिवा आणि रेकी करण्यासाठी मोटारसायकल घेण्यासही अफझलने त्यांना मदत केली. सर्वप्रथम दिल्ली विधानसभा, अमेरिका-इंग्लंडचे दूतावास, संसद आणि विमानतळ असे पर्याय ठरविण्यात आले आणि त्यानुसार रेकी करण्यात आली. तथापि, उपग्रह दूरध्वनीवरून गाझीबाबाने त्यांना संसदेवर लक्ष केंद्रित करण्याच्या सूचना दिल्या. हल्ल्याचा कट रचल्यानंतर त्यानुसार स्फोटके तयार करण्यात आली आणि गाडीतही ठेवण्यात आली. गृहमंत्रालयाचा स्टीकर तयार करण्यासाठी लॅपटॉपचाही वापर करण्यात आला आणि दहशतवाद्यांना ओळखपत्रे देण्यात आली. हल्ल्याच्या आधीच्या दिवशी म्हणजेच १२ डिसेंबर रोजी दहशतवाद्यांनी १० लाख रुपये अफझल, शौकत, गिलानी यांच्याकडे सुपूर्द केले. दुसऱ्या दिवशी सकाळी १० वाजता दहशतवाद्यांनी संसदेच्या दिशेने मोर्चा वळविला. हल्ल्याच्या पूर्वी आणि प्रत्यक्ष हल्ला करताना दहशतवादी अफझलच्या संपर्कात होते. संसदेच्या आतमध्ये अतिमहत्त्वाच्या व्यक्तींना कोठे ठेवण्यात आले आहे, त्याची माहिती देण्यासाठी अफझलला ते सातत्याने दूरदर्शनवर नजर ठेवण्यास सांगत होते. मात्र, अफझल त्या वेळी ज्या ठिकाणी होता तेव्हा त्या परिसरातील वीज गेल्याने त्याने शौकतशी संपर्क साधला आणि त्याला महत्त्वाच्या व्यक्तींचा ठावठिकाणा पाहण्यासाठी सूचना दिल्या. मात्र या माहितीची प्रतीक्षा न करताच दहशतवाद्यांनी आपली कारवाई सुरू केली.
ओळखपत्र दाखवून त्यांनी संसदेच्या आवारात प्रवेश केल्यावर गाडी ११ क्रमांकाच्या फाटकावर पार्क केली. या फाटकाचा वापर भारताचे उपराष्ट्रपती करतात. गाडी मागे घेण्याचा प्रयत्न केला असता त्यांच्या गाडीने उपराष्ट्रपतींच्या ताफ्यातील गाडीला धडक दिली. त्यानंतर दहशतवादी गाडीतून उतरले आणि बेछूट गोळीबार करण्यास सुरुवात केली. त्याला प्रत्युत्तर म्हणून सुरक्षारक्षकांनी गोळीबार सुरू केला. त्यामध्ये पाच दहशतवादी आणि काही जण जागीच ठार झाले तर १६ सुरक्षारक्षक जखमी झाले. केवळ एका तासाच्या आतच हा थरार संपला. त्यानंतर शौकत आणि अफझल हे श्रीनगरकडे रवाना झाले. त्यासाठी वापरण्यात आलेला ट्रक शौकतच्या पत्नीच्या नावावर होता. पोलिसांनी त्यांना १५ डिसेंबर २००१ रोजी ताब्यात घेतले आणि त्यांच्याकडून लॅपटॉप, भ्रमणध्वनी आणि १० लाख रुपये जप्त केले. हल्ला संपल्यानंतर पोलिसांना जे भ्रमणध्वनी क्रमांक मिळाले त्यावरून त्यांनी शौकतची पत्नी वास्तव्याला असलेल्या घराचा छडा लावला. त्यानंतर अफझल आणि शौकत हे श्रीनगरकडे जात असल्याचे कळले. हल्ल्याच्या दुसऱ्या दिवशी म्हणजे १४ डिसेंबर रोजी काश्मीरहून दूरध्वनी येत असल्याचे पोलिसांना आढळले. त्यावरून गिलानी याला पकडण्यात आले. त्याने या हल्ल्याची कल्पना असल्याची कबुली दिली. भ्रमणध्वनी क्रमांक अफझलचा असल्याची माहितीही त्याने दिली. शौकतची पत्नी अफशा हीने अफझल यानेच संसदेवरील हल्ल्याचा कट रचल्याचे सांगितले. श्रीनगरमध्ये अफझल आणि शौकत कोठे आहेत त्याचा ठावठिकाणा कळल्यावर पोलिसांनी काश्मीरमधील पोलिसांशी संपर्क साधला आणि त्यांना अटक करण्यात आली. त्यानंतर त्यांच्या चौकशीतून कटाची ही सर्व योजना समोर आली आणि २१ डिसेंबर रोजी त्यांनी कबुली दिली. ‘वुई हेट इंडिया’ असा मजकूर असलेले स्टीकरही सापडले.