‘सलमान रश्दींच्या ‘सॅटानिक व्हर्सेस’बद्दल मतभेद असू शकतात, त्यामुळे मुस्लिमांच्या भावना दुखावल्या गेल्या हेही खरे; पण त्यापायी या पुस्तकावर बंदी घालणे योग्य नाही’ किंवा, ‘ही (शाहबानो निकालानंतरची) सरकारने गमावलेली संधी आहे. दर वेळी, धर्मगुरूंना केवळ मतांचे ठेकेदारच नव्हे तर अख्ख्या समाजमानसाचे प्रतिनिधीसुद्धा समजण्याची चूक कोणतीही सरकारे का करतात?’ – ही मते प्रा. मुशीरुल हसन यांनी मांडली; ती भारतातील एक विचारवंत म्हणून. पण जन्माने मुस्लीम असूनही अशी मते मांडल्याची किंमत त्यांना मोजावी लागली. जामिया मिलिया विद्यापीठात प्र-कुलगुरू म्हणून फेब्रुवारी १९९२ मध्ये त्यांची नियुक्ती झाली खरी, पण रश्दीं-ंविषयीच्या मतामुळे त्यांना या विद्यापीठात पाऊलही टाकू न देण्याचा निर्धार मूलतत्त्ववादय़ांनी केला. तो तडीसही नेला. तरीही १९९५ पर्यंत ते या पदावर राहिले. याच जामिया मिलियात प्रा. हसन २००४ साली परतले, ते कुलगुरू म्हणून! तोवर परिस्थिती निवळली होती. आणि ती तशी निवळणार, याचे भाकीत १९९५ सालच्या एका मुलाखतीत त्यांनीच केले होते. ‘मुस्लीम अधिक असलेली विद्यापीठेच आज अधिक हिंसाचाराला सामोरी जाताहेत. मुस्लीम युवकांची असहिष्णुता सर्वाधिक आहे. पण  मी पद न सोडले असते तर त्यांचा धीर चेपला असता,’असे त्यांचे म्हणणे होते. अर्थात, १९९२ नंतर (बाबरी उद्ध्वस्तीकरण) परिस्थिती पालटते आहे,  याचीही जाणीव त्यांनी करून दिली होती. मूळचे इतिहासकार असलेल्या प्रा. हसन यांनी फाळणीची कारणे ते परिणाम यांचा सखोल अभ्यास केला होता. पुढे पं. जवाहरलाल नेहरू यांनी तुरुंगात काढलेल्या वर्षांमध्ये त्यांनी काय केले, याचा अभ्यास करून प्रा. हसन यांनी, ‘हिंद स्वराज’मधील गांधीवादी विचारांशी नेहरूंची खरी फारकत तुरुंगातील वाचन-मननामुळे झाल्याचा निष्कर्ष मांडला. नेहरूवादाचे पैलू त्यांनी अभ्यासले, भारतीय मुस्लीम समाजातील बुद्धिवादी विचारवंतांचा आणि मूलतत्त्ववादी माथेफिरूंचाही अभ्यास केला.

प्रा. हसन यांच्या निधनाची वार्ता कधीतरी येणार, हे अपेक्षितच होते. नोव्हेंबर २०१४ मध्ये दिल्लीहून मेवातकडे जाताना त्यांच्या वाहनाला समोरून जबर धडक बसल्याने डोक्याला गंभीर इजा झाली. त्या दुखण्यातून ते उठलेच नाहीत. ‘ईपीडब्ल्यु’मध्ये अधूनमधून होणारे त्यांचे लिखाण थांबले, भारतीय इतिहास परिषद वा सिमल्याची आयआयएएस या संस्थांत होणारे त्यांचे मार्गदर्शन थांबले, विद्यार्थ्यांशी भेटीगाठी थांबल्या आणि अखेर १० डिसेंबरच्या सोमवारी, त्यांचा श्वासही थांबला.