भारताचे नियंत्रक व महालेखापालांच्या (कॅग) आक्षेपांकडे सरकार नेहमीच दुर्लक्ष करते अशा तक्रारी असतानाच, निर्देशांचे पालन होत नसल्याबद्दल राज्यपालांनीही सरकारच्या नकारात्मक प्रवृत्तीवर नाराजी नोंदविली आहे. यामुळे, घटनात्मक दर्जाच्या यंत्रणांकडेही राज्य सरकार गांभीर्याने बघत नसल्याची भावना व्यक्त  होत आहे.
मागास भागांच्या विकासासाठी स्थापन करण्यात आलेल्या वैधानिक मंडळांमुळे घटनेनुसार राज्यपालांना विशेषाधिकार प्राप्त झाले आहेत. यानुसारच विदर्भ, मराठवाडा आणि उर्वरित महाराष्ट्र  या तीन वैधानिक मंडळांसाठी निधीचे वाटप राज्यपालांच्या मान्यतेने करावे लागते. निधीचे वाटप कोठे आणि कसे करायचे याचे निर्देश अर्थसंकल्पाआधी राज्यपाल देतात. हे निर्देशच धाब्यावर बसविले जात असल्यामुळे राज्यपाल के. शंकरनारायण यांनी सरकारच्या भूमिकेबद्दल प्रश्नचिन्ह उपस्थित केले आहे. मागास भागांचा अनुशेष दूर करणे किंवा निधी वाटपाच्या आदेशाचे पालन झाले की नाही, याबाबत राज्यपालांनी माहिती मागविली, पण राज्य शासनाने ती गेली तीन-चार वर्षे सादरच केलेली नाही. विदर्भ, मराठवाडा या मागास भागांचा अनुशेष दूर करण्याकरिता राज्यपालांनी दिलेल्या निर्देशांकडेच साफ दुर्लक्ष करण्यात आले. सरकारच्या नकारात्मक भूमिकेमुळेच अनुशेष दूर होण्यास विलंब लागत असल्याचे मत राज्यपालांनी नोंदविले आहे. विदर्भ वा मराठवाडय़ात २०१३-१४ या वर्षांत १३ हजार पंपांना वीज देण्याचे ऊर्जा विभागाने मान्य केले होते. प्रत्यक्षात ३७४१ पंपांना वीज देण्यात आली. याबद्दल राज्यपालांनी नापसंती व्यक्त केली आहे. आरोग्य खात्याच्या कारभाराबद्दलही राज्यपालांनी नाराजीचा सूर लावला आहे.
राज्य शासनाच्या आर्थिक कारभाराचे लेखापरीक्षण करताना भारताचे महालेखापाल आणि नियंत्रकांकडून (कॅग) आक्षेप नोंदविले जातात. या आक्षेपांना राज्य सरकारने तात्काळ उत्तर देणे अपेक्षित असते, पण गेल्या वर्षी सादर करण्यात आलेल्या अहवालांमध्ये राज्याने सुमारे १५ ते २० हजार आक्षेपांना प्रतिसादच दिलेला नाही, असे स्पष्टपणे नमूद केले आहे. ‘कॅग’च्या आक्षेपांबाबत राज्याची वेगळी भूमिका आहे. छोटय़ाछोटय़ा गोष्टींवर आक्षेप नोंदविले जातात, असा त्यावर राज्याचा युक्तिवाद आहे.