पुणे विद्यापीठामध्ये फक्त अधिकाऱ्यांचीच नाही, तर कर्मचाऱ्यांचीही चंगळच आहे. ओव्हरटाईम देण्याचे गणित हे बायोमेट्रीक प्रणालीच्या आधारे कामाच्या तासाप्रमाणे देण्यात यावे, या व्यवस्थापन परिषदेच्या निर्णयाच्या अंमलबजावणीकडे प्रशासनाने काणाडोळा केल्यामुळे ओव्हरटाईम आणि भत्त्यांच्या स्वरूपात वर्षांनुवर्षे विद्यापीठाची लुबाडणूक करणाऱ्या विद्यापीठातील काही गटांना अजूनही शिस्त लागलेली नाही.
पुणे विद्यापीठातील अधिकारीच विद्यापीठाच्या फंडावर डल्ला मारत आहेत, असे नाही. आपल्या हाताखाली काम करणाऱ्या काही कर्मचाऱ्यांचेही भले केले जात आहे. विद्यापीठातील कर्मचाऱ्यांना नियोजित वेळेपेक्षा अधिक काम करावे लागल्यास ओव्हरटाईम दिला जातो. कर्मचाऱ्यांनी ज्या प्रमाणात काम केले आहे, त्या प्रमाणातच त्याला अधिकचा मोबदला मिळणे रास्तही आहे. मात्र, बायोमेट्रिक हजेरीचा ताळमेळ करून त्यानुसार कर्मचाऱ्यांना जादा कामाचे पैसे देण्यात यावेत, या व्यवस्थापन परिषदेच्या निर्णयाची अंमलबजावणी विद्यापीठात होत नाही.
पुणे विद्यापीठात २०११ मध्ये शिक्षक आणि शिक्षकेतर कर्मचाऱ्यांची हजेरी बायोमेट्रिक पद्धतीने ठेवण्याची प्रणाली सुरू करण्यात आली. मात्र, त्यानंतर कधी बायोमेट्रिक मशिन बंद आहेत, कर्मचाऱ्यांच्या बोटांचे ठसे नाहीत, अशा विविध कारणांनी ही प्रणाली सुरू करण्यात उशीर करण्याचा जणू विडाच विद्यापीठातील काही कर्मचाऱ्यांनी उचलला. अखेर यापुढील सर्व भत्ते, ओव्हरटाईम हे बायोमेट्रिक प्रणालीनुसार नोंदल्या गेलेल्या हजेरीनुसारच दिले जातील, असे परिपत्रक विद्यापीठाने नोव्हेंबर २०१३ मध्ये काढले. मात्र, या निर्णयाची अंमलबजावणी करण्यास विद्यापीठाने पुन्हा कच खाल्ली. मार्च २०१४ मध्ये बायोमेट्रिक पद्धतीनुसार ओव्हरटाईम न देता तो जुन्याच पद्धतीने देण्यात यावा, असे परिपत्रक विद्यापीठाने काढले आहे.
जुन्या पद्धतीमध्ये महिन्यात साधारणपणे किती तास काम करण्याची गरज आहे, त्याचा अंदाज विद्यापीठ प्रशासनाकडे विभागप्रमुख पाठवतात. मात्र, त्यानुसार कर्मचारी संख्येचे आणि त्यांच्या कामाची मांडणी करून विभागप्रमुखांच्या संमतीने विद्यापीठ ओव्हरटाईम देते. यामध्ये मुळात जेवढे तास दाखवण्यात आले, तेवढे तास प्रत्यक्षात काम होते आहे का, कर्मचारी काम करत आहेत का याची पडताळणी विद्यापीठाकडून केली जात नाही. विद्यापीठाच्या विभागांमध्ये प्रामाणिकपणे काम करणारे अनेक कर्मचारी आहेत. मात्र, काही कर्मचाऱ्यांच्या हे भत्ते मिळवण्यासाठी लॉबी तयार झाल्या आहेत. त्याचा परिणाम विद्यापीठाच्या कामावरही होत आहे.
 
ज्या कामाचा पगार त्यासाठी भत्तेही!
विद्यापीठाच्या अनेक विभागांमध्ये विशेषत: परीक्षा विभागामध्ये काम करणाऱ्या कर्मचाऱ्यांना जे काम करण्यासाठी पगार मिळतो, ते काम केल्याबद्दल वर भत्तेही मिळतात.
विद्यापीठाच्या भांडारामधून उत्तरपत्रिका काढून देण्यासाठी भांडारातील कर्मचाऱ्यांना वेगळे भत्ते मिळतात. पुनर्पडताळणी विभागामध्ये काम करणाऱ्या कर्मचाऱ्यांना गुणांची पडताळणी केल्याबद्दल उत्तरपत्रिकांच्या संख्येनुसार भत्ता मिळतो, अशासारखे अनेक भत्ते या कर्मचाऱ्यांना त्यांचे कर्तव्यच असलेले काम केल्याबद्दल मिळतात.