दोन वर्षांपूर्वी मुंबईतील मोक्का न्यायालयात सप्टेंबर २००९ मधील मालेगाव बॉम्बस्फोटात नऊ मुस्लीमांचा हात नसल्याचे स्पष्ट करणाऱ्या एनआयएने आपल्या भूमिकेत बदल केला आणि दहशतवादाच्या आरोपातून या नऊ जणांना मुक्त करण्यास विरोध केला. आता सत्र न्यायमूर्ती व्ही. व्ही. पाटील या बाबत २५ एप्रिल रोजी अंतिम आदेश देणार आहेत. तीन स्वतंत्र यंत्रणांनी या खटल्याचा तपास केला. दहशतवादविरोधी पथक, सीबीआयने एका गटाचा सहभाग असल्याचे सांगितले. एनआयएचा तपास वेगळा आहे, मात्र त्यामुळे यापूर्वीच्या यंत्रणांनी केलेल्या तपासातील आरोपींची मुक्तता करणार का, ते होऊ शकत नाही. न्यायालय आता कोणता पुरावा गोळा केला आहे ते तपासून पाहणार आहे. त्यांच्याविरुद्ध कोणता पुरावा आहे, या घडीला मुक्तता करता येणार नाही.नुरूल हुडा, शब्बीर अहमद, रइस अहमद, सलमान फारसी, फारोग मगदुमी, शेख मोहम्मद आली, आशिफ खान मोहम्मद झाहेद आइण अब्रार अहमद अशी या नऊ जणआंची नावे आहेत. त्यांना २००६ मध्ये मालेगाव स्फोटप्रकरणी अटक करण्यात आली होती.नोव्हेंबर २०११ मध्ये त्यांना जामीन मिळाला. यापैकी दोन जणांना ७-११ मुंबई ुपनगरी गाडी स्फोटप्रकरणी दोषी ठरण्यिात आले.
