सन २००५ मध्ये मंजूर झालेल्या महानगरपालिकेच्या पहिल्याच विकास योजनेतील टीडीआर (ट्रान्सफरेबल डेव्हलपमेंट राईट) देण्यात तब्बल १०१ कोटी १३ लाख ६४ हजार रुपयांचा गैरव्यवहार झाल्याचे प्रथमदर्शनी स्पष्ट होत असल्याचा अभिप्राय लेखपरीक्षकांनी दिला आहे. ही बाब अत्यंत गंभीर असून वरिष्ठ पातळीवर त्याची चौकशी झाली पाहिजे अशी शिफारसही त्यांनी स्पष्टपणे केली आहे. तब्बल ४ लाख ४ हजार ५४५ स्क्वेअरफुटांच्या (सुमारे १० एकर) टीडीआरचा घोळ करण्यात आल्याचे लेखापरीक्षणामुळे निदर्शनास आले असून त्यात नगररचना विभागाचे हितसंबंध आहेत. कायदा व नियमातील पळवाटा शोधून हा प्रकार झाल्याचा शेरा लेखपरीक्षकांनी या अहवालात मारला आहे.       
राज्य सरकारच्या धोरणानुसार महानगरपालिकेला आरक्षणाच्या जमिनी संपादित करण्यासाठी अर्थसंकल्पात २० टक्के तरतुदी करणे
शक्य होत नाही. त्यामुळे एमआरटीपी अ‍ॅक्ट १९६६ च्या कलम १२६ मध्ये दुरुस्ती करून राज्य सरकारने जमीनसंपादनाची पद्धत बदलली. मनपाला सक्तीने जमीन संपादित करता यावी यासाठी जागेचा टीडीआर देण्याची पद्धत मुंबईत लागू करण्यात आली. ती कमालीची यशस्वी झाल्याने राज्य सरकारने सन ९४ अन्य महापालिकांनाही टीडीआर संकल्पना लागू केली. नगरला आत्तापर्यंत दोन सन विकास योजना मंजूर झाल्या आहेत. जुन्या शहरातील योजना जुलै २००५ मध्ये व यातून वगळलेल्या भागाची योजना जुलै २००८ मध्ये मंजूर झाली आहे. या योजनेत विविध कारणांसाठी एकूण २१५ व हद्दीत नव्याने समाविष्ट झालेल्या भागातील ३३० अशी एकूण ५४५ आरक्षणे आहेत. त्यातील जुन्या हद्दीतील ३१ व टीडीआर धोरणाद्वारे ताब्यात घेतलेली १० अशी ४१ आरक्षणांच्या जागा मनपाच्या ताब्यात आहेत. ज्या दहा आरक्षणांना टीडीआर लागू करण्यात आला आहे, त्यातच तब्बल १०१ कोटी रुपयांचा गैरव्यवहार झाल्याचे लेखपरीक्षकांनी स्पष्ट केले आहे.
टीडीआरमधील घोटाळा तपासण्यासाठी  लेखापरीक्षकांनी मनपाकडून माहिती घेतलीच, मात्र विशेष म्हणजे त्यासाठी गोपनीयरीत्याही माहिती संकलित केली आहे. अनेक गोपनीय कागदपत्रे, नोंदी त्यांनी तपासल्या आहेत. ४ लाख ४ हजार ५४५ स्क्वेअरफूट जागा आणि नगर शहरातील जागांचा बाजारभाव (२ हजार ५०० रुपये प्रती चौरसफूट) लक्षात घेऊन लेखापरीक्षकांनी प्रथमदर्शनी १०१ कोटी १३ लाख ६४ हजार रुपयांच्या गैरव्यवहाराची निश्चिती केली आहे.
अमरधाम ते नागापूर पूल (सावेडीच्या पश्चिमेने) या ३० मीटर रुद रस्त्याची पूर्ण जागा संपादित करण्यात आलेली नाही, तरीही त्यासाठी टीडीआर देण्यात आला असून विशेष म्हणजे टीडीआरसाठी दिलेली जागाही मनपाची नाही. हा रस्ता सुमारे पाच किलोमीटर लांबीचा असून दोघांनाच त्यात टीडीआर देण्यात आला आहे, हे अयोग्य असून त्यात कुठलीच पारदर्शकता राखली नसल्याचे लेखापरीक्षकांनी नमूद केले आहे. रस्ता विकासीत करताना पूर्ण रस्त्याच्या लांबीएवढी जागा संपादित करणे गरजेचे असताना कुठल्या तरी कोपऱ्यातील एखाद्या व विशिष्ठ व्यक्तीचीच जागा संपादीत करणे हे कायद्याचे उल्लंघन असल्याचे लेखापरीक्षकांनी निदर्शनास आणून दिले आहे.
लेखापरीक्षकांचा पुढचा आक्षेप अधिक गंभीर आहे. नगररचना विभागाचे तत्कालीन सहायक संचालक संतोष धोंगडे यांचा त्यात थेट संबंध अधोरेखित करण्यात आला आहे. माळीवाडय़ातील एक जागा  (सव्‍‌र्हे क्रमांक १७२) खेळाच्या मैदानासाठी राखीव आहे. या जागेचे मूळ मालक दिनेश देसाई, जयेश देसाई व प्रकाश कांकरिया यांची असून ती पुढे लंका भिंगारदिवे, लता बढे, गीता संतोष धोंगडे, नितीन नानासाहेब बारस्कर व शांतिलाल मुथा यांनी घेतली. येथील टीडीआर मूळ मालकाला न देता बांधकाम व्यावसायिकांना देण्यात आला आहे. ज्यांना तो दिला, त्यांनीही तो लगेच विकला आहे. यातील गीता संतोष धोंगडे यांच्या नावाचे साधर्म्य थेट नगररचना विभागाच्या सहायक संचालक यांच्या पत्नीच्या नावाशीच असून ही गोष्टही गंभीर आहे. मनपाच्या कोणत्याही व्यक्तीने स्वत:च्या कुटुंबाच्या फायद्यासाठी काही करणे हे कायद्याचे उल्लंघन आहे. या गोष्टीची नगरविकास व नगररचना या दोन्ही विभागांकडून वरिष्ठ पातळीवर चौकशी होणे गरजेचे असल्याचे लेखापरीक्षकांनी नमूद केले आहे.
नालेगाव येथे झोपडपट्टीवासीयांसाठी सुरू असलेल्या घरकुल योजनेसाठी संपादित केलेल्या करण्यात आलेल्या जागेचा टीडीआर शिरीषकुमार बोरा यांना दिला आहे. या टीडीआरची आत्तापर्यंत सहावेळा विक्री झाली आहे. हा टीडीआर जेथे वापरायचा तेथील इमारतीचा दर्शनी रस्ता किमान ९ मीटर रुंद असणे गरजेचे असताना ६ मीटर दर्शनी रस्ता असलेल्या ठिकाणी ही इमारत बांधण्यात आली असून हे नियमाचे सरळसरळ उल्लंघन आहे.
टीडीआरबाबत लेखापरीक्षकांनी घेतलेला सर्वात मोठा आक्षेप पारदर्शकतेचा आहे. हीच बाब त्या वेळच्या सध्या सुरू असलेल्या चर्चेशी कमालीची सुसंगत आहे. महानगरपालिका हद्दीत टीडीआर योजना लागू झाली हीच गोष्ट सुमारे दीड, दोन वर्षे कोणालाच कळू देण्यात आली नव्हती. नगररचना कार्यालयालाच त्याची कल्पना होती आणि येथूनच आरक्षणातील जागा खरेदी करून त्याचा टीडीआर विकत घेणे किंवा तो विकत घेऊन विकणे असे घोळ सुरू होते. अन्य सारेच याबाबत अनभिज्ञ होते. मुख्यत्वे आरक्षण पडलेल्या जागेच्या मूळ मालकांनाच असे कुठले धोरण किंवा संकल्पना याविषयी कल्पना नव्हती, त्याचाच फायदा घेतल्याची चर्चा ब-याच दिवस होती. लेखापरीक्षणामुळे या गोष्टी आता उघड झाल्या आहेत.