विधानसभेच्या निवडणुकीच्या पराभवानंतर गणेश नाईक नेमके कोणत्या पक्षात जाणार याबाबतचे अद्यापही चित्र स्पष्ट झाले नाही. त्यामुळे आगामी नवी मुंबई महानगरपालिकेच्या निवडणुकीत त्यांचे समर्थक चिंतातुर झाले आहेत. गणेश नाईक शिवसेनेच्या वाटेवर असल्यांची चर्चा सुरू असताना गणेश नाईक यांना सेनेत प्रवेश द्यायचा का नाही. याबाबतचे सर्वाधिकार शिवसेनेचे कार्याध्यक्ष उद्धव ठाकरे यांच्याकडे असल्याचे स्पष्ट संकेत ठाण्याचे पालकमंत्री एकनाथ शिंदे यांनी दिले आहेत.
राष्ट्रवादी काँग्रेसमध्ये १३ वर्षांपासून मंत्रिपद भूषविलेल्या गणेश नाईक यांना विधानसभा निवडणुकीत मोदीलाटेचा आणि अंतर्गत गटबाजीचा फटका बसला होता.  नाईक भाजपमध्ये जातील अशी चर्चा होती. तर मागील काही दिवसांपासून शिवसेनेच्या वाटेवर असल्याची चर्चाही सुरू आहे. या बाबत विचारले असता शिंदे यांनी थेट बोलण्याचे टाळले.