राष्ट्रसंत तुकडोजी महाराज नागपूर विद्यापीठात नियमांच्या उल्लंघनाने कळसच गाठला असून कुलगुरूंनीसुद्धा नियमांचे उल्लंघन करून अभियांत्रिकीच्या उत्तरपत्रिका दिल्लीत जाऊन तपासल्या. या प्रकरणी कुलगुरू डॉ. विलास सपकाळ यांनी ‘कॉन्फिडेन्शिअल मॅटर’ असे उत्तर ‘बोर्ड ऑफ एक्झामिनेशनला’ देत विश्वासात घेतले नाही. या कारणामुळे विद्यापीठ वर्तुळात कुलगुरूंवर कारवाई होणार का या विषयावर चर्चेला उधाण आले आहे.
अभियांत्रिकी विद्यापीठाच्या १०६ विद्यार्थ्यांनी विद्यापीठाच्या फेरमूुल्यांकनावर नाराज होऊन उच्च न्यायालयाच्या नागपूर खंडपीठात धाव घेतली होती. १०६ याचिकाकर्त्यांपैकी फक्त आठ विद्यार्थ्यांच्या उत्तरपत्रिका तपासून घेण्याचे आदेश न्यायालयाने दिले होते. आयआयटी दिल्लीच्या प्राध्यापकांनी या विद्यार्थ्यांच्या उत्तरपत्रिका तपासल्या असून त्यात सर्व विद्यार्थ्यांना गुणवाढ मिळाल्याची माहिती एका विश्वसनीय सूत्रांनी दिली. कुलगुरू डॉ. विलास सपकाळ आणि परीक्षा नियंत्रक हे दोघे उत्तरपत्रिका घेऊन दिल्लीला गेले आणि चार दिवस दिल्लीत मुक्कामास होते. कुलगुरूंनी या प्रकरणी नियमांचे उल्लंघन के ल्याचे बोलले जात आहे.  
पदवी परीक्षेच्या उत्तरपत्रिका तपासण्यासाठी महाराष्ट्र राज्य विद्यापीठ अधिनियम १९९४च्या कलम ३२ (५)(फ) मध्ये स्पष्ट नियम दिले आहेत. पदवी परीक्षेच्या उत्तरपत्रिका या सेंट्रलाईज्ड पद्धतीने तपासाव्या असे त्यात नियम आहेत. न्यायालयाने या उत्तरपत्रिका तज्ज्ञांकडून तपासाव्या,, असे निर्देश दिले होते. कुलगुरू किंवा इतर कुणालाही त्या इतर ठिकाणी नेण्याचे अधिकार नाहीत. विद्यापीठाने एखाद्या संस्थेतील तज्ज्ञांकडून त्या विद्यापीठातच तपासणे अपेक्षित होते; परंतु नियमांचे उल्लंघन करून आणि ‘बोर्ड ऑफ एक्झामिनेशनला’ अंधारात ठेवून त्या उत्तरपत्रिका दिल्लीतून तपासून आणल्या. मात्र, याप्रकरणाची माहितीसुद्धा ‘बोर्ड एक्झामिनेशन’ला दिली नाही. तसेच उत्तरपत्रिका कुठून तपासून आणल्या याविषयी उच्च न्यायालयात दाखल केलेल्या प्रतिज्ञापत्रातसुद्धा त्याचा उल्लेख नाही.
या सर्व प्रकरणामुळे आयआयटी दिल्लीच्या प्राध्यापकांनी या उत्तरपत्रिका तपासल्यानंतर मूल्यांकनाच्या चुका दिसून आल्या आणि विद्यार्थ्यांना योग्य गुण का दिले नाही हा प्रश्न आयआयटीच्या तज्ज्ञांनी विचारल्याचे सूत्रांनी सांगितले. याप्रकरणामुळे नागपूर विद्यापीठ आणि येथील प्राध्यापकांच्या कामाचे वाभाडे निघत असून  नियमांचे उल्लंघन करणाऱ्या कुलगुरूंवर काय कारवाई होते? हा विषय ‘हॉट टॉपिक’ झाला आहे.