काही अज्ञात इसमांकडून आपल्याला दहशत दाखविण्यात येत असून धमक्याही येत असल्याची तक्रार इशरत जहाँच्या कुटुंबीयांनी केली असून आपल्याला सुरक्षा पुरविण्यात यावी, अशी मागणी त्यांनी केंद्र सरकारकडे केली आहे. इशरतच्या कुटुंबीयांनी मागणी केल्यास त्यांना सुरक्षा पुरविण्यात येईल, असे गृहमंत्रालयाने या संदर्भात स्पष्ट केले.
इशरतच्या आई शमीमा कौसर यांनी वकिलांमार्फत गृहसचिव अनिल गोस्वामी यांना पत्र लिहिले असून आपले जीवित, स्वातंत्र्य आणि सुरक्षेला मोठा धोका उत्पन्न झाल्याची तक्रार त्यांनी या पत्रामध्ये केली आहे. न्यायासाठीच्या आपल्या लढय़ात रौफ लाला आणि  मोईउद्दीन इस्माइल सय्यद हे आपल्याला मदत करीत असून त्यांना आणि आपल्या मुलांना धमक्या येत असल्याची तक्रार कौसर यांनी केली .
इशरतची बहीण मुशरत हिनेही मुंबईत पत्रकार परिषद घेऊन माझे कुटुंबीय तसेच आम्हाला जे पाठबळ देत आहेत, त्यांच्या जीवास गंभीर धोका असल्याची तक्रार केली. मुशरतने यासंदर्भात अधिक तपशील सांगितला. आमच्या घराबाहेर अनेक पोलीस तैनात केले असताना गुरुवारी पहाटे अडीचच्या सुमारास काहीजणांनी पोलीस असल्याची बतावणी करून आमचे दार वाजवले. त्यांनी दार वाजवणे तसेच सुरू ठेवले होते. नंतर ते निघून गेले. सकाळी मुंब्रा पोलिसांकडे चौकशी करून तुम्ही आमच्याकडे कोणास पाठविले होते काय असे विचारले असता त्यांनी नकारार्थी उत्तर दिल्याची माहिती मुशरतने दिली.इशरतच्या कुटुंबियांना पुरेसे संरक्षण देण्याचे आदेश केंद्रीय गृहमंत्री सुशीलकुमार शिंदे यांनी दिले आहेत.
इशरत जहाँ प्रकरणात गुजरात उच्च न्यायालयात सादर केलेल्या दोन प्रतिज्ञापत्रांमध्ये विरोधाभास असल्याचे सांगत सीबीआयने त्याबाबतची फाइल आपल्याला देण्यात यावी, अशी विनंती गृहमंत्रालयाला केली .इशरत प्रकरणात तत्कालीन अप्पर सचिव आर व्ही एस मणी यांनी २००९ मध्ये दोन महिन्यांच्या अवधीत दोन प्रतिज्ञापत्रे सादर केली, मात्र त्यामध्ये विरोधाभास असल्याचे मत सीबीआयने व्यक्त केले आहे. ऑगस्ट २००९ मध्ये दाखल केलेल्या प्रतिज्ञापत्रात इशरत आणि अन्य तिघांना दहशतवादी म्हणून घोषित केले आहे, तर ३० सप्टेंबर २००९ मध्ये सादर केलेल्या प्रतिज्ञापत्रात इशरत दहशतवादी असल्याबाबतचे ठोस पुरावे नसल्याचे नमूद करण्यात आल्याचे सीबीआयने म्हटले आहे.