द्वारका पिठाचे शंकराचार्य स्वामी स्वरुपानंद यांनी साईबाबांविषयी केलेल्या बेताल वक्तव्याबाबत मंगळवारी दुसऱ्या दिवशीही शिर्डीत संतप्त प्रतिक्रीया उमटल्या. शंकराचार्याच्या विरोधात शिर्डी पोलिसांनी धार्मिक भावना दुखवून जाती-धर्मात तेढ निर्माण करण्याचा प्रयत्न केल्याबद्दल गुन्हा दाखल केला आहे.
शिर्डीत सर्वधर्मियांच्या वतीने नितीन कोते यांनी शकंराचार्याच्या विरोधात शिर्डी पोलिस ठाण्यात तक्रार  दाखल केली. शंकराचार्य स्वामी स्वरुपानंद यांनी शिर्डीचे साईबाबा देव नाहीत त्यामुळे मंदीरात पुजा करणे गैर आहे. तसेच साईबाबा हे हिंदूू-मुस्लीम धर्माचे प्रतीक नाही. ते फक्त हिंदूु धर्मियांचे आहेत. शिर्डीचे मंदीर हे व्यावसायिक दृष्टय़ा पैसे गोळा करण्याचे काम करते, असे वक्तव्य त्यांनी केले होते. शिर्डी पोलिसांनी या तक्रारीनुसार स्वामी स्वरुपानंद यांच्या विरुध्द धार्मिक भावना दुखवून जाती धर्मात तेढ निर्माण करणे या कलमान्वे अजामीनपात्र गुन्हा दाखल केला आहे.
दरम्यान शंकराचार्याच्या वादग्रस्त विधानाचा निषेध करण्यासाठी मंगळवारी सकाळी सर्वधर्मीय शिर्डीकर एकत्र आले. एका बाजुने हिंदूू तर दुसऱ्या बाजुने मुस्लिम बांधवाने धरलेल्या साईप्रतिमेची शहरातून मिरवणूक काढण्यात आली. मिरवणुकीसमोर घंटानाद करण्यात आला. यानंतर मंदिर परिसरात या मिरवणुकीचे रुपातंर निषेध सभेत झाले. माजी नगराध्यक्ष कैलास कोते, उपनगराध्यक्ष राजेंद्र कोते, कमलाकर कोते, शिवाजी गोंदकर, विजय कोते, जमादारभाई शेख, मौलाना अजगरअली, निलेश कोते, दत्तात्रय कोते, गफ्फारखान पठान आदी उपस्थित होते. सभेत सर्वच वक्त्यांनी शंकराचार्याच्या बेजबाबदार वक्तव्याचा निषेध करत संताप व्यक्त केला. जमादारभाई व गणिभाई पठाण यांनी साईबाबा मुस्लिमांच्या हृदयात असल्याचे सांगितले. बाबांनी सर्वधर्मातील रुग्णांवर उपचार केले. सर्वधर्मीय त्यांना परमेश्वर मानतात. समाजात मोठे स्थान असलेल्यांनी बाबांविषयी अभद्र बोलून जातीय सलोखा बिघडविणारे वक्तव्य करु नये असे आवाहन त्यांनी केले. अन्य वक्त्यांनी हा प्रसिध्दीचा स्टंट असल्याचा दावा करत शंकराचार्य स्वामी स्वरुपानंद हे मानसिक रुग्ण असून त्यांच्या उपचारासाठी शहरात भिक्षा झोळी फिरवून निधी उभारण्याचे आवाहन केले. मंदिराचे पुजारी बाळासाहेब जोशी, सचिन तांबे, सुधाकर िशदे, ताराचंद कोते तसेच संस्थानच्या कर्मचाऱ्यांच्या वतीने तुषार शेळके यांनी शंकराचार्याच्या वक्तव्याचा निषेध केला.