कन्येच्या गुणवाढ प्रकरणात कुलपतींच्या निर्देशावरून सक्तीच्या रजेवर असलेले संत गाडगेबाबा अमरावती विद्यापीठाचे कुलगुरू डॉ. मोहन खेडकर यांनी नियमबाह्य़रीत्या ७५ हजार रुपयांचा बांधाबांध भत्ता घेतल्याप्रकरणी डॉ. खेडकर आणि कुलसचिव दिनेशकुमार जोशी यांच्या विरोधात फ्रेझरपुरा पोलीस ठाण्यात फसवणुकीचा गुन्हा दाखल करण्यात आला आहे. जोशी यांनी कुलगुरूंना नियमबाह्य़ पद्धतीने बांधाबांध भत्त्याची उचल करण्यास मदत केल्याचा ठपका त्यांच्यावर ठेवण्यात आला आहे.
कुलगुरू  खेडकर यांची नियुक्ती झाल्यानंतर डॉ. खेडकरांनी नागपूर ते अमरावती या स्थानांतरासाठी ७५ हजार रुपयांच्या बांधाबांध भत्त्याची उचल केली होती. ही बाब नियमबाह्य़ असल्याचा दावा ठेवून विद्यापीठाचे निलंबित प्राध्यापक डॉ. राजेंद्र प्रसाद यांनी कुलपतींकडे तक्रार केली होती. भत्ता चुकीच्या मार्गाने घेतल्याचे स्पष्ट झाल्यानंतर कुलगुरूंनी ७५ हजार रुपयांची रक्कम विद्यापीठाला परतही केले, पण त्यामुळे डॉ. खेडकर अजून अडचणीत आले आहेत.