मालेगाव बॉम्बस्फोट तपासप्रकरणी अचानक भूमिका बदलल्याने राष्ट्रीय तपास यंत्रणेच्या (एनआयए) विश्वासार्हतेला धक्का बसला आहे, असे मत राष्ट्रवादी काँग्रेसचे अध्यक्ष शरद पवार यांनी व्यक्त केले. ते सोमवारी अहमदनगरमध्ये बोलत होते. यावेळी पवारांनी म्हटले की, एनआयएच्या तपासामुळे विश्वासार्हतेला धक्का बसला. हे योग्य नाही. निरपराधांची हत्या झाली. अल्पसंख्याक समाजाचा व्यक्ती ‘जुम्मा’च्या दिवशी मशिदीत कधी हल्ला करेल, हे शक्य नाही. मी अजूनपर्यंत हे पाहिले नाही, असे पवार यांनी म्हटले आहे. एनआयने काही दिवसांपूर्वी या प्रकरणातील आरोपी साध्वी प्रज्ञा सिंह ठाकूर यांना क्लीन चीट दिली. याशिवाय, अन्य आरोपींवरील मोक्काही एनआयएकडून काढून टाकण्यात आला.
एटीएसचे माजी प्रमुख दिवंगत हेमंत करकरे यांच्या नेतृत्वाखाली करण्यात आलेला मालेगाव स्फोटाचा तपास चुकीचा असल्याचा दावा एनआयएकडून काही दिवसांपूर्वी न्यायालयात सादर करण्यात आलेल्या आरोपपत्रात करण्यात आला होता. स्फोटाचे धागेदोरे सापडत नव्हते म्हणून एटीएसने आरोपींचा अतोनात छळ केला व त्यांच्याकडून पाहिजे तसा कबुलीजबाब नोंदवून घेतला. एवढेच नव्हे, तर आरोपींवर कठोर असा ‘मोक्का’ही लावण्यात आल्याचे एनआयएने विशेष न्यायालयात दाखल केलेल्या आरोपपत्रात म्हटले होते.