नियोजनशून्य कारभार, परीक्षा प्रक्रियांमधील विविध गोंधळ आणि भ्रष्टाचार यामुळे पुणे विद्यापीठाच्या विश्वासार्हतेला ओहोटी लागल्याचा आरोप राजेंद्र विखे यांच्यासह विद्यापीठ अधिसभेच्या काही सदस्यांनी केला आहे. त्यांनी नुकतेच याबाबतीत कुलगुरूंना निवेदन दिले असून या विविध गोष्टींसंदर्भात येत्या दि. २३ ला विद्यापीठावर मोर्चा नेण्याचा इशारा दिला आहे.      
विखे यांच्यासह पुणे येथील प्रोग्रेसीव्ह एज्युकेशन सोसायटीचे अध्यक्ष डॉ. गजानन एकबोटे, नगर जिल्हा मराठा विद्या प्रसारक संस्थेचे अध्यक्ष माधवराव मुळे, अधिसभा सदस्य दादाभाऊ शिनलकर, सिनेट सदस्य शिवाजी साबळे, आप्पासाहेब दिघे, श्री. शं. जाधव, अ‍ॅड. सुभाष पाटील, शिर्डी साई रुरल इन्स्टिटय़ुटचे एम. एम. पुलाटे, माजी आमदार तुकाराम दिघोळे, नाशिकचे प्रशांत हिरे, नाशिक जिल्हा मराठा प्रसारक संस्थेच्या सरचिटणीस निलीमाताई पवार, अशोक सावंत, अशोक काटारीया, डॉ. संतपराव वाळूंज आदींचा यात समावेश आहे.  
त्यांनी निवेदनात म्हटले आहे की, परीक्षा विभागाच्या गलथान कारभारामुळे विद्यार्थ्यांना होणारा त्रास, गैरप्रकार याबाबत विद्यापीठ प्रशासनाकडे वारंवार तक्रार करुनही त्यांची दखल घेतली जात नाही. परीक्षा सावळा गोंधळ असून, त्याला सर्वस्वी नियंत्रकच जबाबदार आहेत. त्यांच्या जागी योग्य व्यक्तीची नेमणूक करून परीक्षा विभागाचे कामकाज सुधारणे गरजेचे आहे. गुणवत्ता सुधार योजनेंतर्गत मिळणारा निधी पुर्वीप्रमाणेच मिळावा आणि याबाबत पुर्वीचेच धोरण कायम ठेवावे, परीक्षांची ऑनलाईन पध्दत पुर्ण दोषमुक्त झाल्यानंतरच राबवावी आदी मागण्या करण्यात आल्या आहेत.
नगर येथील प्रस्तावित उपकेंद्रासाठी शहरापासून जवळच बाबुर्डी येथे ८३ एकर जागेचा ताबा मिळाला आहे. त्याच्या बांधकामाचे अद्यापि कोणतेही नियोजन करण्यात आलेले नाही. आदिवासी विद्यार्थ्यांचे हित डोळयासमोर या भागातील महाविद्यालयांच्या विकासासाठी समिती गठीत केली आहे. या समितीने केलेल्या शिफारशी विचारात न घेताच दुसऱ्या एका समितीचे गठन केले, याचा अर्थ विद्यापीठ व्यवस्थापन समितीने गठीत केलेल्या समितीवर विश्वास नसल्यासारखेच असून, ही गोष्ट निषेधार्ह असल्याचे या निवेदनात म्हटले आहे. या सर्व गोष्टींकडे विद्यापीठ प्रशासनाचे लक्ष वेधून घेण्यासाठी दि. २३ ला मोर्चा काढण्यात येणार असून त्यानंतरही दखल न घेतल्यास संस्थाचालक तीव्र आंदोलन करतील असा इशाराही या सदस्यांनी दिला आहे.