महाराष्ट्र शासनाच्या सहकार विभागातर्फे राज्यातील सर्व सहकारी संस्था, सर्व कृषी पतसंस्था, बिगरकृषी पतसंस्था, गृहनिर्माण संस्था, सहकारी बँका, पणन संस्था, सहकारी साखर कारखाने इत्यादींवर संनियंत्रण ठेवण्याचे महत्त्वपूर्ण कार्य केले जाते. या सर्व सहकारी संस्थांचे नियामक मंडळ म्हणून त्यांच्या आर्थिक कारभारावर अंकुश ठेवण्यासाठी या विभागात स्वतंत्र लेखापरीक्षण विभाग कार्यरत असतो. विभागस्तरावर नव्या सहकार कायद्यानुसार संस्थांचे लेखापरीक्षण हे जिल्हा उपनिबंधकांच्या पॅनेलवरील लेखापरीक्षकांकडूनच करून घ्यावे लागते आणि सनदी व प्रमाणित लेखापरीक्षकांची दोन गटांत वर्गवारी करण्यात आली आहे. आर्थिक वर्ष संपल्यानंतर सहा महिन्यांच्या आत सहकारी संस्थेचे लेखापरीक्षण करावेच लागते. सहकारी संस्थेने त्यांच्या वार्षिक सभेत पॅनेलवरील लेखापरीक्षकाची नेमणूक करणे, संस्थेच्या कामकाजाचा वार्षिक अहवाल, मागील आर्थिक वर्षांचा लेखापरीक्षण अहवाल, पुढील वर्षांचा अर्थसंकल्प, लेखापरीक्षक दोष-दुरुस्ती अहवाल देणे बंधनकारक आहे. संस्थेने ठरावीक मुदतीत वार्षिक सभा न बोलावल्यास संबंधित संस्थेचे संचालक अपात्र ठरवण्याची तरतूद अध्यादेशात आहे. तसेच, प्रत्येक संस्थेने आर्थिक वर्ष संपण्याआधी सहा महिने अगोदर वार्षिक अहवाल, ऑडिटेड स्टेटमेंट, उपविधी सुधारणा, दुरुस्ती आदी विवरणपत्रे विहित मुदतीत सादर न केल्यास संस्थेच्या पदाधिकाऱ्यांना अपात्र ठरवण्याची तरतूद कायद्यात आहे. महाऑनलाइन या संस्थेच्या मदतीने विकसित करण्यात आलेल्या या संकेतस्थळावर लेखापरीक्षक प्रक्रियेबाबतची माहिती भरण्यासाठी स्वतंत्र विभाग आहे. ‘लेखापरीक्षक लॉगइन’ या शीर्षकाखाली लेखापरीक्षकांना वापरकर्ता म्हणून नोंदणी करता येते. त्यानंतर सहकारी संस्थेकडून ऑनलाइन अर्जाची तपासणी केली जाते आणि नियमाप्रमाणे लेखापरीक्षकांची निवड केली जाते. नोंदणीकृत लेखापरीक्षकास संगणकप्रणाली मार्फत सांकेतांक देण्यात येतात. संबंधित सहकारी संस्था त्यांनी लेखापरीक्षण करावयाच्या सहकारी संस्थेच्या नावासहित कार्यक्रम ठरवून त्याप्रमाणे आदेश काढले जातात. चौथ्या टप्प्यांत प्रत्येक लेखापरीक्षक स्वतंत्रपणे त्यांनी लेखापरीक्षण केलेल्या संस्थांच्या माहितीसह लेखापरीक्षण अहवाल अपलोड करतात.
