आपल्या तब्बल ४०० शिष्यांना सक्तीच्या शस्त्रक्रियांनी नपुंसक केल्यावरून सिरसा येथील डेरा सच्चा सौदाचा प्रमुख गुरमीत राम रहिम सिंग याच्याविरोधात केंद्रीय गुन्हा अन्वेषण विभागाने (सीबीआयने) गुन्हा दाखल केला आहे.
धोकादायक शस्त्रांनी अथवा धोकादायक पद्धतीने शिष्यांना शारीरिक दुखापत केल्याचा फौजदारी गुन्हा बाबा आणि त्याच्या काही साथीदारांवर नोंदवण्यात आला आहे. पंजाब आणि हरयाणा उच्च न्यायालयाच्या आदेशानुसार ही कार्यवाही करण्यात आली आहे.
या डेऱ्यात २००० साली आपल्यावर अशी सक्तीची शस्त्रक्रिया झाल्याची तक्रार २०१२मध्ये हंसराज चौहान या शिष्याने या न्यायालयात केली होती. आपल्यासह पंजाब, हरयाणा, राजस्थान आदी भागांतील सुमारे ४०० भक्तांवर अशा सक्तीच्या शस्त्रक्रिया झाल्याचा दावा त्याने याचिकेत केला होता. या प्रकरणाची सीबीआयकडून चौकशी व्हावी तसेच आपल्याला नुकसान भरपाई मिळावी, अशी याचिकाकर्त्यांची मागणी होती. या शस्त्रक्रियांमुळे तुम्हाला भगवंताचे दर्शन होईल, असे सांगत बाबांनी आमच्यावर सक्ती केली होती, असेही चौहानने म्हटले आहे. न्यायालयाच्या आदेशानंतर चौहानची वैद्यकीय तपासणी झाली आणि त्यात त्याच्या दाव्यात तथ्य आढळले.
 राज्य सरकारनेही आणखी सात शिष्यांचे जबाब नोंदवले असून, त्यांनीही आपल्यावर अशी सक्ती झाल्याचे उघड केले आहे.
 बाबा गुरमीतवर ‘मेसेंजर ऑफ गॉड’ हा चित्रपट तयार झाला असून तो पुढील महिन्यात झळकणार आहे. त्याचवेळी त्याची गैरकृत्ये उघड होत आहेत. अकाल तख्तानेही त्याला विरोध केला आहे.