सत्तेत आल्यानंतर मोदी सरकारने राज्यांचे राज्यपाल बदलल्यापासून काँग्रेसशासित राज्यांत अटळ समजला जाणारा राज्यपाल-राज्य सरकार संघर्ष महाराष्ट्रात सुरू झाला आहे. राज्यात मुख्य निवडणूक आयुक्ताच्या नियुक्तीबद्दल मुख्यमंत्र्यांनी केलेली शिफारस नवनियुक्त राज्यपाल सी. विद्यासागर राव यांनी परत पाठवल्याने मंत्रिमंडळाच्या बैठकीत बुधवारी तीव्र नाराजी व्यक्त झाली. त्यातच राव यांनी राज्यातील महत्त्वाच्या घडामोडींबाबत मंत्र्यांऐवजी सचिव-अधिकाऱ्यांशी थेट चर्चा चालू केल्याने अनेक मंत्र्यांनी रोष व्यक्त केला आहे. त्यामुळे येत्या काळात राज्यपाल विरुद्ध सरकार हा संघर्ष पेटण्याची चिन्हे आहेत.  
नीला सत्यनारायण सेवानिवृत्त झाल्यामुळे राज्य निवडणुक आयुक्तपद गेले दोन महिने रिक्त आहे. या पदावर आपली वर्णी लागावी यासाठी माजी मुख्य सचिव जे. एस. सहारिया यांच्यासह परिवहन सचिव शैलेशकुमार शर्मा, माजी अतिरिक्त मुख्य सचिव टी. सी. बेंजामिन, मुख्य वन संरक्षक ए. के.जोशी, सर्वेशकुमार आदींनी विनंती केली होती. त्यातून सहारिया यांची नियुक्ती करण्याची शिफारस मुख्यमंत्री पृथ्वीराज चव्हाण यांनी राज्यपालांकडे केली होती. मात्र, राज्यपाल सी. विद्यासागर राव यांनी यावर मंत्रिपरिषदेची मान्यता घेऊन प्रस्ताव पाठवण्याचे आदेश देत ही फाइल परत पाठवली. यावरून अस्वस्थ झालेल्या राज्य सरकारने याबाबत विधी व न्याय विभागाचा अभिप्राय घेतला असता, राज्यपाल मुख्यमंत्री आणि सामान्य प्रशासन विभागाच्या शिफारशीनुसार ही नियुक्ती करू शकतात. मात्र मंत्रिपरिषदेकडे प्रस्ताव गेला तरी त्यात गैर नाही, असा अभिप्राय देण्यात आला. त्यातच पाटणा उच्च न्यायालयानेही मंत्रिपरिषदेच्या मान्यतेने अशा नियुक्त्या करण्याचा निकाल दिला असल्याने सामान्य प्रशासन विभागाने हा प्रस्ताव बुधवारी मंत्रिपरिषदेच्या बैठकीत मांडला. त्यावेळी राज्यपालांच्या भूमिकेबद्दल उघड नाराजी व्यक्त करण्यात आल्याचे समजते. राज्यपालांनी अशाप्रकारे तांत्रिक मुद्दा उपस्थित करून फाइल परत पाठविणे योग्य नसल्याची भूमिका मांडत काही मंत्र्यांनी त्यांच्या कार्यपद्धतीबाबत रोष व्यक्त केला.
मंत्र्यांच्या तक्रारी
*मंत्र्याऐवजी अधिकाऱ्यांना परस्पर बोलावून राज्यपाल त्यांच्याशी चर्चा करीत असल्याची तक्रार काही मंत्र्यांनी बैठकीत केली.
*लेंढी, बाभळी या सिंचन प्रकल्पांबाबत अंतर्गत लवाद नेमण्यात आला आहे. तरीही राज्यपालांनी मंत्र्याऐवजी जलसंपदा खात्याच्या सचिवांना बोलावून या प्रकल्पांची चर्चा केली.
*महासंचालक आणि पोलीस आयुक्तांनाही परस्पर बोलाविल्याबद्दल नाराजी व्यक्त करण्यात आली.
*राज्यपालांच्या या भूमिकेबद्दल राष्ट्रपतींकडे तक्रार करण्याचीही मागणी यावेळी करण्यात आल्याचे समजते.