एनसीबीचे माजी विभागीय संचालक समीर वानखेडे हे मुस्लीम असल्याचा दावा मंत्री नवाब मलिक यांनी केला होता. यासंदर्भात त्यांनी तक्रार देखील दाखल केली होती. परंतु या प्रकरणात राष्ट्रीय अनुसूचित जाती आयोगाने महत्वपूर्ण निरीक्षण नोंदवलं आहे. उपलब्ध कागदपत्रांनुसार मुंबईचे माजी NCB प्रमुख समीर वानखेडे प्रथमदर्शनी अनुसूचित जातीचे आहेत. परंतु जिल्हा जात प्रमाणपत्र पडताळणी समितीच्या अंतिम अहवालाची प्रतीक्षा आहे, असं आयोगानं म्हटलंय. तसेच वानखेडे यांच्या छळाच्या दाव्यावर, NCSC ने संबंधित कलमांतर्गत एफआयआर नोंदवण्याची शिफारस केली आहे आणि या प्रकरणाची चौकशी सहाय्यक पोलीस आयुक्त दर्जाच्या कनिष्ठ अधिकाऱ्याने करू नये असे म्हटले आहे. वानखेडे यांनी सरकारी नोकरी मिळवण्यासाठी बनावट कागदपत्रे तयार केल्याचा आरोप मलिक यांनी केला होता. यानंतर वानखेडे यांनी गेल्या वर्षी नोव्हेंबरमध्ये राष्ट्रीय अनुसूचित जाती आयोगाचे अध्यक्ष विजय सांपला यांच्यासमोर जात प्रमाणपत्राशी संबंधित मूळ कागदपत्रे सादर करून ते दलित असल्याचे सिद्ध केले होते. वानखेडेंच्या तक्रारीबाबत गुन्हा दाखल करण्याची शिफारस; मलिकांविरोधात राष्ट्रीय अनुसूचित जाती व जमाती आयोगाकडे तक्रार वानखेडे तेव्हा नार्कोटिक्स कंट्रोल ब्युरोचे मुंबई झोनचे प्रमुख होते आणि त्यांनी क्रूझ ड्रग्ज प्रकरणाचा तपास केला होता. ज्यामध्ये बॉलीवूड अभिनेता शाहरुख खानचा मुलगा आर्यन खान याला अटक करण्यात आली होती. केंद्रीय लोकसेवा आयोगाची परीक्षा उत्तीर्ण झाल्यानंतर भारतीय महसूल सेवेतील अधिकारी म्हणून नोकरी मिळवण्यासाठी वानखेडे यांनी जात प्रमाणपत्र आणि इतर कागदपत्रे बनावट असल्याचा आरोप नवाब मलिक यांनी केला होता. वानखेडे हे जन्माने मुस्लीम असल्याचेही त्यांनी सांगितले होते. मात्र, वानखेडेंनी मलिक यांचे आरोप फेटाळून लावले होते. आयोगाने म्हटलंय की, "आतापर्यंत उपलब्ध असलेल्या कागदपत्रांनुसार समीर वानखेडे हे दलित आहेत. या प्रकरणाची चौकशी कनिष्ठ स्तरावरील पोलीस अधिकाऱ्यांकडून केली जात आहे आणि एसआयटीची रचना अनुसूचित जाती आणि अनुसूचित जमाती (अत्याचार प्रतिबंधक) कायदा, 1989 (सुधारित) मधील तरतुदींनुसार नाही, असेही निरीक्षण आयोगाने नोंदवले. वानखेडेंच्या तक्रारीबाबत गुन्हा दाखल करण्याची शिफारस अमली पदार्थ नियंत्रण विभागाचे (एनसीबी) माजी विभागीय संचालक समीर वानखेडे यांनी अल्पसंख्याकमंत्री नवाब मलिक यांच्याविरोधात राष्ट्रीय अनुसूचित जाती व जमाती आयोगाकडे केलेल्या तक्रारीप्रकरणी गुन्हा दाखल करण्याची शिफारस राष्ट्रीय आयोगाने केली आहे. तसेच चौकशीच्या नावाखाली समीर वानखेडे अथवा त्यांच्या कुटुंबीयांना त्रास न देण्याबाबतही पोलिसांना आयोगाकडून सांगण्यात आले. आर्यन खानला अमली पदार्थाप्रकरणी अटक झाल्यानंतर नवाब मलिक यांनी समीर वानखेडे यांच्यात आरोपांचे द्वंद्व सुरू झाले होते. वानखेडे यांनी प्रसिद्धीमाध्यमांपुढे येऊन माझ्या व माझ्या कुटुंबावर करण्यात आलेल्या खासगी आरोपांबाबत आपण तक्रार करणार असल्याचे स्पष्ट केले होते. त्यानंतर वानखेडे यांनी २६ ऑक्टोबर २०२१ ला राष्ट्रीय अनुसूचित जाती व अनुसूचित जमाती आयोगाकडे तक्रार केली होती.
