सर्वसामान्य शाळांमधील अतिरिक्त कर्मचाऱ्यांना शासनाच्या अन्य विभागांमध्ये सामावून घेण्याबाबतचे निकष स्वयंसेवी संस्थांमार्फत चालविण्यात येणाऱ्या अपंगांच्या विशेष शाळांना लावण्यात आल्यामुळे या शाळा चालविणाऱ्या संस्थांची पंचाईत झाली आहे.शालेय शिक्षण विभागाकडून सर्वासामान्य शाळांमधील अतिरिक्त शिक्षक-शिक्षकेतर कर्मचाऱ्यांच्या बाबतीत असलेला निकष सामाजिक न्याय विभागाच्या अंतर्गत येणाऱ्या स्वयंसेवी संस्थाच्या विशेष शाळांना लावण्यात आला आहे. शासनाच्या सामाजिक न्याय व विशेष साहाय्य विभागाकडून १८ ऑगस्ट २००४ नुसार नवीन आकृतीबंध लागू करण्यात आला होता. त्यानुसार या विशेष शाळांमधील काही कर्मचारी अतिरिक्त असल्याचे सांगून त्यांना पर्यायी सेवेत दाखल करून घेण्याचे आदेश देण्यात आले. परिणामी या कर्मचाऱ्यांना शाळेऐवजी समाजकल्याण विभागाच्या प्रादेशिक कार्यालयांमध्ये काम करावे लागणार आहे. अपंगांकरीता असलेल्या विशेष शाळांमध्ये असलेल्या आणि शासनाच्या निर्णयामुळे अतिरिक्त असलेल्या या कर्मचाऱ्यांना त्यांची ही नवी नेमणूक तात्पुरती आणि पुढील आदेश मिळेपर्यंत अशा स्वरूपाची आहे.
मात्र या विशेष शाळांतील हे कर्मचारी संबंधित शाळांमधील एकूण कामकाजाच्या व्यवस्थेत आवश्यक असल्याचे संबंधित संस्थांनी शासनाच्या निदर्शनास आणून दिले असले, तरी शासन निर्णयात बदल झालेला नाही. त्यामुळे या शाळांमध्ये असलेल्या कर्मचाऱ्यांवर अतिरिक्त भार पडत असल्याची तक्रार संस्थाचालक करत आहेत. एका शाळेतील शिपाई प्रवर्गात असलेल्या कर्मचाऱ्यास शाळेची निकड लक्षात घेऊन तीन दिवस शाळेत तर तीन दिवस समाज कल्याण विभागाच्या प्रादेशिक कार्यालयात अशी वर्गवारी करून देण्यात आली आहे.