विद्यापीठ आणि सहसंचालक कार्यालयात वेतनश्रेणीबाबतचा वाद कायम असून त्यासाठी न्यायालयाकडे दाद मागितली जात आहे. शिक्षकेतर कर्मचाऱ्याला शिक्षकाची वेतनश्रेणी कशी द्यायची, असा पेच सहसंचालकांसमोर आहे तर वित्त व लेखाधिकारी पूरण मेश्राम यांच्या मते नियुक्तीच्यावेळी विद्यापीठ अनुदान आयोगाने पात्रता व वेतनश्रेणी शिक्षकांचीच मागितली असल्याने शिक्षकाच्या वेतनश्रेणीसाठी पात्र आहे. या प्रकरणी वित्त व लेखाधिकारी विरुद्ध सहसंचालक कार्यालय असा वाद कायम आहे.
शिक्षकेतर कर्मचाऱ्यांच्या वेतनश्रेणी आणि इतर लाभ राज्य शासन तर शिक्षकांची वेतनश्रेणी आणि इतर लाभांचे नियंत्रण विद्यापीठ अनुदान आयोग करते. दोन्ही प्रवर्गांना नियंत्रित करणाऱ्या संस्था वेगवेगळ्या असल्याने एका प्रवर्गाचा लाभ दुसऱ्या प्रवर्गातील व्यक्तीला कसा द्यायचा असा प्रश्न सहसंचालक डॉ. अंजली रहाटगावकर यांच्या पुढे आहे. त्याबाबत त्यांनी राज्य शासनाकडे पे-स्केल फिक्सेशनचे प्रकरण पाठवले होते. या प्रकरणी वित्त व लेखाधिकारी तसेच सहसंचालक कार्यालय न्यायालयाच्या निर्णयाची वाट पाहत असून शासनाने अद्यापही त्यावर उत्तर दिलेले नाही.
उच्च न्यायालयाने २०१४ मध्ये विद्यमान कुलसचिव पूरण मेश्राम यांच्या वेतनश्रेणी नियमित करून पुनर्नियुक्तीचा आदेश निर्गमित केला होता. मात्र, त्यानंतर राष्ट्रसंत तुकडोजी महाराज नागपूर विद्यापीठ सर्वोच्च न्यायालयात गेले. सर्वोच्च न्यायालयाने उच्च न्यायालयाचाच निर्णय मान्य केल्याने मेश्राम यांच्या वेतन निश्चितीचा प्रस्ताव सहसंचालक कार्यालयाकडे पाठवण्यात आला. मात्र, अद्यापपर्यंत वेतन निश्चिती करण्यात आलेली नाही. मेश्राम यांची १९९३मध्ये सहाय्यक कुलसचिव पदावर नियुक्ती झाली. त्यापूर्वी विद्यापीठ अनुदान आयोगाने सहाय्यक कुलसचिव पदासाठी सहाय्यक प्राध्यापकाची पात्रता आणि वेतनश्रेणी ठरवली होती. उपकुलसचिव पदाला प्रपाठकाची पात्रता आणि वेतनश्रेणी तर कुलसचिव पदासाठी प्राध्यापकची पात्रता आणि वेतनश्रेणीची अधिसूचना १९९१मध्ये काढली होती. ती अधिसूचना राज्य शासनाने मान्य केली.
पूरण मेश्राम म्हणाले, यूजीसीने काढलेली अधिसूचना राज्य शासनाने मान्य केली होती. तेव्हा नेट उत्तीर्ण होतो. त्यामुळेच सहाय्यक कुलसचिव पदासाठी पात्र ठरलो. जरी मी शिक्षकेतर कर्मचाऱ्यांमधून असलो तरी थेट नियुक्ती झाली होती. शासनाने शिक्षक वर्गाचे फायदे देऊ केले होते. मात्र, सहसंचालक कार्यालयाने चुकीचा अन्वयार्थ लावून अद्यापही वेतन निश्चिती केली नाही.