प्राप्तीकर कायदा १९६१ मधील कलम ‘८० प’ तरतुदीनुसार सहकारी बँकाचे उत्पन्न २००४ पूर्वी प्राप्तीकरापासून मुक्त होते. सहकारी बँकांकडे राष्ट्रीयकृत किंवा खाजगी क्षेत्रातील बँकांप्रमाणे ना मोठे ठेवीदार ना मोठे कर्जदार असतात. या बँका समाजातील लहान घटकांकडून ठेवी गोळा करून लहान उद्योजकांना कर्ज पुरवठा करतात. याच उद्देशाने भारतात आणि मोठय़ा संख्येने महाराष्ट्रात सहकारी बँका फोफावल्या. त्यांच्या नफ्यावर कर आकारून त्यांच्या उद्दीष्टाला बाधा येते. सरकार दरवर्षी करमुक्त रोखे विक्रीला परवानगी देतच असते. सहकारी बॅंकांचा नफ्याचा आकडा मोठा असतो असे नव्हे. हा नफा करमुक्त ठेवला तर सरकार मोठ्या महसुलाला मुकेल, असेही नाही परंतु याचा सहकारी बँकांना मोठा फायदा होईल तेव्हा कलम ‘८० प’च्या रद्द केलेल्या तरतुदी पुन्हा समाविष्ट करव्या. रिझव्‍‌र्ह बँकेने जेव्हा सर्व व्यापारी बँकांसाठी एसएलआर २५% वरून दोन टप्प्यात २३% केला तेव्हा ही कपात सहकारी बँकांना लागू केली नाही. त्यामुळे सहकारी बँकांना अजूनही त्यांच्या ठेवींच्या २५% रक्कम सरकारी रोख्यात गुंतवावी लागते. बॅसल-३ च्या तरतुदीसाठी सर्वच बँकांना मोठय़ा प्रमाणावर भांडवल उभारावे लागणार आहे. सहकारी बँकाना दर्शनी मूल्याने कर्जदारांना भांडवल विकावे लागते. आज फायद्यात असलेल्या सहकारी बँकांचे पुस्तकी मूल्य, दर्शनी मूल्य अधिक असूनही दर्शनी मूल्याने विक्री केल्यामुळे राखीव निधी वाढत नाही. रिझव्‍‌र्ह बँक अग्रहक्काचे समभाग विकून भांडवल उभारणी कार्याला परवानगी देत नाही.
बॅसल-३ च्या तरतुदीनुसार बँकांना मोठय़ा प्रमाणावर भांडवल उभारणी करावी लागणार आहे. सहकारी बँकांच्या नफ्यावर कर आकारणी केल्यामुळे राखीव निधीत मोठी वाढ होत नाही. या बँकाची शेअर बाजारात नोंदणी झालेली नसल्यामुळे भांडवल उभारणी ही सर्वात मोठी समस्या सहकारी बँकासमोर आहे.