सन २००७ मध्ये समझोता एक्स्प्रेसमध्ये बॉम्ब ठेवणारा आरोपी त्याच वर्षी हैदराबाद येथील मक्का मशिदीत झालेल्या बॉम्बस्फोट प्रकरणाशी संबंधित असल्याचा संशय राष्ट्रीय तपास संस्थेने (एनआयए) व्यक्त केला आहे. राजेंदर चौधरी असे या आरोपीचे नाव असून शनिवारी रात्री त्याला अटक करण्यात आली आहे. मे २००७ मध्ये हैदराबाद येथील मशिदीतील झालेल्या बॉम्बस्फोटात नऊ जणांचा बळी गेला असून चौधरीच्या अटकेने या प्रकरणाचा उलगडा होण्याची शक्यता राष्ट्रीय तपास संस्थेने व्यक्त केली आहे.
साधारणत: ३० वर्षे वयाचा असलेल्या राजेंदर याला उजैनपासून ५० किमी अंतरावर असलेल्या नानडा येथून शनिवारी रात्री राष्ट्रीय तपास संस्थेने अटक केली. समुंदर सिंग नावाने ओळखला जाणारा राजेंदर येथे गेल्या तीन वर्षांपासून नाव बदलून राहत असल्याचे समोर आले आहे. त्याच्या शोधासाठी पाच लाखांचे बक्षीसही जाहीर करण्यात आले होते.
१८ मे २००७ रोजी हैदराबाद येथील मक्का मशिदीत कट्टरवाद्यांनी बॉम्बस्फोट घडवून आणला होता. या बॉम्बस्फोटात नऊ जण ठार झाले होते. त्यानंतर पोलिसांशी उडालेल्या चकमकीत आणखी पाच जण मरण पावले होते. २०११ मध्ये या प्रकरणाचा तपास हातात आल्यानंतर राष्ट्रीय तपास संस्थेने असीमानंद, लोकेश शर्मा आणि देवींदर गुप्ता (सर्व अटक) आणि रामजी कलासांग्रे व संदीप डांगे (दोघेही फरार) यांच्या विरोधात आरोपपत्र दाखल केले.
दरम्यान, १८ फेब्रुवारी २००७ मध्ये समझोता एक्स्प्रेसमध्ये झालेल्या स्फोटात ६८ जणांचा बळी गेला होता. एक्स्प्रेसमध्ये झालेला बॉम्बस्फोट आणि हैदराबाद येथील मशिदीतील बॉम्बस्फोट यांच्यामागील सूत्रधार एकच असल्याचा संशय व्यक्त करून राजेंदर याची अधिक चौकशी करून  नव्याने माहिती उजेडात येण्याची शक्यता एनआयएच्या अधिकाऱ्यांनी व्यक्त केली आहे.