भारत स्वतंत्र झाल्यावर सिक्कीमच्या चोग्याल यांना भारतात प्रवेश करण्याच्या करारावर स्वाक्षरी करण्यास सांगितले, परंतु सिक्कीमने पुढील अडीच दशके तसे करण्यास नकार दिला. अखेर एप्रिल १९७५ मध्ये तत्कालीन पंतप्रधान इंदिरा गांधी यांनी एक मोठा निर्णय घेतला. त्यांनी हे ईशान्येकडील राज्य देशात विलीन करण्याचा निर्णय घेतला. चोग्याल अर्थात सिक्कीमच्या राजाच्या सर्व धमक्यांना न जुमानता हे काम केले गेले. भारतीय सैन्याने ६ एप्रिल रोजी राजवाडा ताब्यात घेतला. त्यानंतर घटनात्मकदृष्ट्या सिक्कीमच्या विलीनीकरणाला संसदेत मंजुरी देण्यात आली. तत्कालीन राष्ट्रपती फखरुद्दीन अली यांच्या स्वाक्षरीनंतर १६ मे १९७५ रोजी हे भारताचे २२ वे राज्य बनले. नामग्याल राजवटीत हल्ले फंटसॉग नामग्याल या पहिल्या चोग्याल (राजा) पासून सुरुवात करून, नामग्याल घराण्याने १९७५ पर्यंत सिक्कीमवर राज्य केले. एकेकाळी, सिक्कीमच्या राज्यात चुंबी खोरे आणि दार्जिलिंग यांचा समावेश होता. १७०० च्या सुरुवातीस, या प्रदेशात सिक्कीम, नेपाळ, भूतान आणि तिबेट यांच्यातील संघर्षांची मालिका पाहिली गेली, ज्यामुळे सिक्कीमच्या प्रादेशिक सीमा कमी झाल्या. ब्रिटीशांचा विस्तार ब्रिटीश आले तेव्हा भारतीय उपखंडातील त्यांच्या विस्ताराच्या योजनांमध्ये हिमालयीन राज्यांवर नियंत्रण समाविष्ट होते. दरम्यानच्या काळात नेपाळ राज्याने आपला प्रदेश वाढवण्याचे प्रयत्न चालू ठेवले. याचा परिणाम अँग्लो-नेपाळ युद्धात झाला (नोव्हेंबर, १८१४ ते मार्च १८१६), ज्याला गोरखा युद्ध असेही म्हणतात, जे गोरखाली सैन्य आणि ईस्ट इंडिया कंपनी यांच्यात लढले गेले. दोन्ही बाजूंनी भारतीय उपखंडाच्या उत्तरेकडील धोरणात्मकदृष्ट्या महत्त्वाच्या पर्वतीय विस्ताराच्या महत्त्वाकांक्षी योजना होत्या. १८१४ मध्ये, सिक्कीमने नेपाळविरुद्धच्या नंतरच्या मोहिमेत ईस्ट इंडिया कंपनीशी युती केली. १७८० मध्ये नेपाळने हिसकावून घेतलेले काही प्रदेश कंपनीने जिंकले आणि सिक्कीमला परत केले. टर्निंग पॉइंट सिक्कीमच्या इतिहासातील महत्त्वपूर्ण वळण म्हणजे जॉन क्लॉड व्हाईट या ब्रिटिश भारतातील नागरी सेवकाची नियुक्ती, ज्याची १८८९ मध्ये सिक्कीमचे राजकीय अधिकारी म्हणून नियुक्ती करण्यात आली. मार्च, १८६१ मध्ये स्वाक्षरी केलेल्या तुम्लाँगच्या तहांतर्गत सिक्कीम तोपर्यंत ब्रिटीश संरक्षक राज्य होते. ब्रिटीशांच्या प्रशासकीय नियंत्रणाखाली असलेल्या भारतीय उपखंडातील बहुतेक भागांप्रमाणे, सिक्कीम राज्य जरी संरक्षित राज्य असले तरी, स्वतःच्या राज्याच्या प्रशासनात लोकांना फारसा पर्याय नव्हता. "ब्रिटिशांनी सिक्कीममध्ये नेपाळी स्थलांतराला प्रोत्साहन दिले आणि ते सम्राटाच्या संमतीने घडले नाही," असे अमरावती येथील एसआरएम विद्यापीठातील लिबरल आर्ट्स विभागाचे सहाय्यक प्राध्यापक डॉ उगेन भुतिया म्हणाले. नामग्याल सम्राट इंग्रजांनी घेतलेल्या निर्णयांवर टीका करू शकला नाही. परंतु राज्यकर्त्यांनी या राज्यात येणाऱ्या नेपाळी स्थलांतरितांची तक्रार केली. सम्राट बौद्ध होते आणि सिक्कीम हे बौद्ध राज्य होते. सिक्कीममध्ये नेपाळी स्थलांतरित लोकसंख्या वाढत होती. त्यांची संख्या वाढणे म्हणजे बौद्ध राज्यामध्ये लोकसंख्याशास्त्रीय बदल होय. पण "ते बौद्ध नव्हते आणि ते वेगळ्या जातीचे होते," भुतिया म्हणाले. १९४७ नंतरची परिस्थिती १९४७ मध्ये भारताच्या स्वातंत्र्यानंतर तीन वर्षांनी, सिक्कीम हे भारताचे संरक्षित राज्य बनले. १९५० मध्ये, तत्कालीन सिक्कीम सम्राट ताशी नामग्याल आणि सिक्कीममधील भारताचे तत्कालीन राजनैतिक अधिकारी हरिश्वर दयाल यांच्यात एक करार झाला. करारातील एक कलमात असे लिहिले आहे की, "सिक्कीम हे भारताचे संरक्षण राज्य राहील आणि या कराराच्या तरतुदींच्या अधीन राहून, त्याच्या अंतर्गत बाबींच्या संदर्भात स्वायत्तता उपभोगतील." त्यानंतर त्या काळातील भौगोलिक राजकीय बदलांनी सिक्कीमला नाजूक स्थितीत आणले. दलाई लामा यांचे आगमन मार्च १९५९ मध्ये, दलाई लामा तिबेटमधून निसटले. दलाई लामा भारतीय सीमेवर पोहोचल्यानंतर, ते आणि त्यांचे कर्मचारी अरुणाचल प्रदेशातील तवांग मठात स्थायिक झाले. एका महिन्यानंतर, ते मसुरीला गेले, जिथे ते तत्कालीन पंतप्रधान जवाहरलाल नेहरू यांना भेटले आणि त्यांच्यासोबत आलेल्या केलेल्या तिबेटी निर्वासितांच्या भविष्याबद्दल चर्चा केली. भुतिया म्हणाले की, “दलाई लामा यांचे स्वागत आणि आश्रय देण्याच्या भारताच्या निर्णयाच्या परिणामांमुळे सिक्कीममधील काहींना संदेश गेला की, चीनच्या विपरीत, भारतासोबतची युती त्यांच्या सुरक्षिततेची आणि सुरक्षिततेची हमी देईल. हा सिक्कीममधील सत्ताधारी वर्गाचा दृष्टिकोन होता.” राजेशाही विरुद्ध असंतोष १९५० आणि १९७० च्या दरम्यानचा काळ सिक्कीममध्ये असंतोष वाढला. प्रामुख्याने, वाढत्या असमानता आणि सरंजामशाही नियंत्रणामुळे राजेशाहीविरुद्ध संताप होता. डिसेंबर १९४७ मध्ये, राजकीय गट एकत्र आले आणि त्यांनी सिक्कीम स्टेट काँग्रेसची स्थापना केली, हा एक राजकीय पक्ष होता ज्याने सिक्कीमचे भारतीय संघराज्यात विलीनीकरण करण्यास समर्थन दिले. तीन वर्षांनंतर, सिक्कीम नॅशनल पार्टीची स्थापना करण्यात आली ज्याने राजेशाही आणि राज्याच्या स्वातंत्र्याला पाठिंबा दिला. लोकशाही व्यवस्थेचा अर्थ सिक्कीममधील सम्राटाच्या अधिकारात घट असा होतो आणि काही संशोधकांचा असा विश्वास आहे की शेवटचा सम्राट, पॅल्डन थॉन्डुप नामग्याल यांनी नागरी आणि राजकीय स्वातंत्र्य कमी करण्याचा प्रयत्न केला. १९७४ च्या निवडणुका एका वर्षानंतर, १९७४ मध्ये, निवडणुका झाल्या, ज्यात काझी लेन्डुप दोरजी यांच्या नेतृत्वाखालील सिक्कीम राज्य काँग्रेसने स्वातंत्र्य समर्थक पक्षांचा पराभव केला. त्या वर्षी, एक नवीन राज्यघटना स्वीकारण्यात आली, ज्याने सम्राटाची भूमिका पदापुरती मर्यादित केली, ज्याचा पाल्डेन थोंडुप नामग्याल यांनी तीव्र नाराजी व्यक्त केली. भारतीय जवानांनी ३० मिनिटांच्या ऑपरेशनमध्ये राजवाडा ताब्यात घेतला आता राजेशाहीला काय होणार आहे याची कल्पना आली होती. आंतरराष्ट्रीय स्तरावर त्यांनी प्रयत्न सुरू केले. रॉच्या योजनेनुसार सिक्कीममध्ये प्रचंड निदर्शने सुरू झाली. त्यानंतर ६ एप्रिल १९७५ रोजी भारतीय सैन्याने राजवाडा ताब्यात घेतला आणि राजाला आपल्या ताब्यात घेतले. राजा खूप संतापला. धमक्या दिल्या पण परिणाम झाला नाही. राजवाड्यात तैनात असलेल्या २४३ रक्षकांना नियंत्रित करण्यासाठी भारतीय सैनिकांना ३० मिनिटे लागली. दुपारी १२.४५ पर्यंत सिक्कीमचा स्वतंत्र देशाचा दर्जा संपला. चोग्याल यांना राजवाड्यातच नजरकैदेत ठेवण्यात आले होते. भारतात सामील होण्याचा निर्णय १९७५ मध्ये एक सार्वमत घेण्यात आले ज्यामध्ये बहुसंख्य लोकांनी राजेशाही रद्द करण्याच्या आणि भारतात सामील होण्याच्या बाजूने मतदान केले. एकूण ५९,६३७ लोकांनी राजेशाही संपुष्टात आणण्याच्या आणि भारतात सामील होण्याच्या बाजूने मतदान केले, तर केवळ १,४९६ लोकांनी विरोधात मतदान केले. सिक्कीमच्या नवीन संसदेने, दोरजी यांच्या नेतृत्वाखाली, सिक्कीमला भारतीय राज्य होण्यासाठी एक विधेयक प्रस्तावित केले, जे भारत सरकारने स्वीकारले.