एकनाथ शिंदे यांना सरकार स्थापनेसाठी निमंत्रित करण्याच्या महाराष्ट्राचे राज्यपाल भगतसिंग कोश्यारी यांच्या निर्णयाविरोधात उद्धव ठाकरे यांच्या नेतृत्वाखालील शिवसेनेच्या गटाने सर्वोच्च न्यायालयात धाव घेतली आहे. तसेच, उद्धव ठाकरेंच्या गटाने विधानसभेच्या कामकाजालाही आव्हान दिले आहे, जिथे नवीन सभापती निवडले गेले आणि त्यानंतर बहुमत चाचणी घेतली गेली, ही बहुमत चाचणी बेकायदेशीर असल्याचे ठाकरे गटाचे म्हणणे आहे. ज्या १६ बंडखोर आमदारांविरुद्ध अपात्रतेची कारवाई प्रलंबित होती ते विधानसभेच्या कामकाजात सहभागी होऊ शकत नाहीत, असा युक्तिवाद ठाकरे गटाकडून करण्यात आला आहे. देवेंद्र फडणवीस यांनी २८ जून रोजी राज्यपालांची भेट घेऊन महाविकास आघाडी सरकार हे अल्पमतात आल्याचे दिसत असून, त्यांना बहुमत सिद्ध करण्यास सांगितले जावे, अशी विनंती केली होती. त्यानंतर काही तासांतच राज्यपालांनी महाविकास आघाडी सरकारला विधीमंडळात बहुमत सिद्ध करण्यास सांगितले होते. यावर, भाजपा नेत्यांनी भेट घेतल्यानंतर राज्यपालांनी "राफेलपेक्षाही वेगवान अशा जेटच्या वेगाने काम केले", अशा शब्दांमध्ये शिवसेना नेते संजय राऊत यांनी त्यांनी टिप्पण केली होती. यानंतर एकनाथ शिंदे यांनी ३० जून रोजी महाराष्ट्राचे मुख्यमंत्री आणि देवेंद्र फडणवीस यांनी उपमुख्यमंत्री म्हणून शपथ घेतली. त्यानंतर विधानसभा अध्यक्ष पदाची निवडणूक आणि बहुमत चाचणी देखील जिंकत, सरकार स्थापन केले.
