देशातील आयात-निर्यातीचे मुख्य साधन असलेल्या बंदरात आलेल्या व बंदरातून परदेशात निर्यात होणाऱ्या मालाची तपासणी सीमा शुल्क विभागाकडून केली जात असून त्यासाठी गोदामात सीमा शुल्क विभागाचे अधिकारी व कर्मचारी तैनात असतात तसेच त्यांच्या जोडीला गोदामातील सुरक्षा रक्षकही असतांना डीआरटीमधील मालाने भरलेल्या कंटेनरची चोरी केली जाते व त्या जागी नवीन कंटेनर आणला जातो. या घटनेमुळे बंदरातील तस्करीला मुभा मिळण्यास मदत होऊन देशात विघातक प्रवृत्तींना शिरकाव करण्यासही मदत होऊ शकते. त्यामुळे बंदरातील मालाच्या असुरक्षेमुळे देशाच्या सुरक्षेलाच धोका निर्माण होऊ शकतो. यासाठी पोलीस आणि सीमा शुल्क विभागाने समन्वयाने काम करण्याची गरज असल्याचे मत उरण पोलिसांकडून व्यक्त केले जात आहे.
बंदरातील आयात व निर्यात करण्यात येणाऱ्या मालातून मोठय़ा प्रमाणावर तस्करी होत असल्याचे यापूर्वीच्या अनेक घटनांमधून सिद्ध झालेले आहे. यामध्ये ऑईलच्या ड्रममधून आलेली काडतुसे व हत्यारे त्याचप्रमाणे परदेशातील उपयोगात न आलेला दारूगोळाही यापूर्वी बंदरातून आलेला आहे. देशात बंदी असलेल्या रक्तचंदनाच्या तस्करीच्या घटना अनेकदा उघडकीस आलेल्या आहेत. जेएनपीटी बंदरात सध्या जेएनपीटीसह दोन खाजगी बंदरे असून त्यात आणखी दोन बंदरांची वाढ होणार आहे. त्याचप्रमाणे बंदरावरआधारित ६५ पेक्षा अधिक खाजगी गोदामे या परिसरात आहेत. बंदरात आलेल्या व जाणाऱ्या कंटेनरमधील मालाची तपासणी करण्यासाठी स्कॅनरची गरज असून दिवसाला तीन बंदरातून हाताळण्यात येणाऱ्या हजारो कंटेनरची तपासणी करण्यासाठी हवी तेवढी स्कॅनरची संख्या नसल्याने बंदरातील सर्व कंटेनरची तपासणी होत नाही. यासाठी सीमा शुल्क विभागाने अनेकदा केंद्रीय नौकानयन मंत्रालयाकडे मागणी केली आहे.
दुसरीकडे गोदामातून कंटेनरची चोरी झाल्यानंतर त्याचा शोध लावण्याची जबाबदारी स्थानिक पोलिसांवर येते. पोलिसांची संख्याच कमी असल्याने तसेच तपासाच्या वेळी सीमा शुल्क विभागाकडून समन्वयाचा अभाव असल्याने तपास कामात अडथळा निर्माण होत असल्याचे मत नाव न छापण्याच्या अटीवर पोलीस अधिकाऱ्यांनी व्यक्त केले आहे.तसेच बंदरातील सुरक्षेतील कमतरतेचा देशविघातक शक्ती फायदा घेऊ शकतात. त्यामुळे देशाच्या सुरक्षेलाच धोका निर्माण होऊ शकतो अशीही शंका त्यांनी व्यक्त केली असून यासाठी बंदर परिसरात पोलीस संख्येत वाढ करण्यासाठी स्वतंत्र पोलीस ठाण्याची निर्मिती करण्याची गरज आहे.