विधानसभा निवडणुकीत मराठा समाजाची मते मिळवण्यासाठी घेतलेला मराठा आरक्षणाचा निर्णय कायद्याच्या कसोटीवर उतरवण्याचे मोठे आव्हान राज्य सरकारपुढे उभे राहिले आहे. न्या. आर. एम. बापट यांच्या अध्यक्षतेखालील राज्य मागासवर्ग आयोगाच्या नकारात्मक शिफारशींचा सोयीचा अर्थ काढून नारायण राणे समितीच्या अहवालावर आधारित मराठा आरक्षणाचा निर्णय घेण्यात आला आहे. परंतु बापट आयोग व राणे समिती यांच्यातील मतभिन्नतेमुळे मराठा आरक्षणाचा अध्यादेश काढताना सरकारची चांगलीच दमछाक होत आहे.
राज्य मंत्रिमंडळाने २५ जून रोजी शिक्षण व सरकारी नोकऱ्यांमध्ये मराठा समाजाला १६ टक्के व मुस्लिम समाजाला ५ टक्के आरक्षण देण्याचा निर्णय घेतला. हा निर्णय घेताना न्या. बापट आयोगाच्या अहवालाची चिरफाड करून सोयीचा अर्थ लावण्यात आला आहे. मराठा समाजाचा इतर मागास वर्गात समावेश करण्यास आयोगाने नकार दिला असला तरी, त्यासंदर्भात आयोगाच्या सदस्यांमध्ये मतभिन्नता होती, असा शोध लावून मराठा आरक्षणासाठी पूरक वातावरण तयार करण्यात आले.
मराठा समाजाचा इतर मागास वर्गात (ओबीसी) समावेश करावा की करू नये, या संदर्भात आयोगाच्या सदस्यांनी मांडलेल्या मतांचा ऊहापोह राज्य सरकराच्या मराठा आरक्षणाच्या प्रस्तावात करण्यात आला आहे.  
साधार माहितीचा अभाव आणि आयोगातील सदस्यांमध्ये पराकोटीची मतभिन्नता, असा निष्कर्ष काढून बापट आयोगाच्या शिफारशी गुंडाळून ठेवून मराठा आरक्षणाचा निर्णय घेण्यात आला. मराठा व मुस्लिम समाजाच्या आरक्षणाची तात्काळ अंमलबजावणी करण्यासाठी अध्यादेश काढण्याचे ठरविण्यात आले आहे. त्यासाठी गेल्या दोन दिवसांपासून संबंधित विभागांच्या अधिकाऱ्यांच्या बैठका सुरू आहेत. बापट आयोगाच्या नकारात्मक शिफारशींचा सोयीचा अर्थ काढून मराठा समाजाला आरक्षण देण्याचा निर्णय झाला, परंतु कायद्याच्या चौकटीत हे कसा बसवायचे, यावरून सरकारची चांगलीच दमछाक होत आहे.